Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044382_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os04g37660.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccatgccttct-tttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
     |   || ||  | | | | |   ||   |     ||  | |     |     ||||  |  |||  |  |||| ||||     |||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
agttagtttatgttgtacatgctgttgattgttgaaaggttcatagaaaattgtccctgattgacacctcttacttgaccctt-----ctttcttgtccatacagATTGGGCCACTTAGATGTTGGCCTGGTGGCTTGTGCCTATCAAGATCAATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATCATTCCCGTGCCTTATGTGAAGC

upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G04210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccat--gccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
  || || |    ||   |   ||  |   | ||| | ||   | |  |       | |||  |  || | ||   ||| | |   ||  | ||   |  || |||||||  | ||||||||||| ||||| || || |||||| |||| |||||||||  |||||| |||||||||||| | || || ||  |||| ||||
--gatatttggattatcatcctttgcaatttactaatattctctctagaagaaacttgcatttgagttgtattatgcctgactagattaatgatatttgtagGTTGGTCCTTTGAGATGTTGGCCTGGTGGCTTGTGTCTCTCACGATCCATTGGTGATATGGATGTTGGTGAATTTATTGTCCCTGTACCACATGTAAAGC

upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA17G36150.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tggacatcttc-cataggttttcttttagagtcctattttttggt-ttgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttccttttttatccatcca-gATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
   |||  ||    |||||||| |  |   ||  | |||     | || | ||     |   |    | ||   || | |   |   ||  | |  ||| | | |||||||  | ||||||||||| |||||||| || |||||| |||| ||||| |||  |||| | |||||||||||| | || || || ||||| ||||
---acacttttgtttaggttttgtactcatgttttgtttaccaatattattgaaaaagtgtttatgatattaatatgcctgactagattaatttgtatcaaagGTTGGTCCTTTGAGATGTTGGCCTGGTGGTTTGTGTCTCTCACGATCTATTGGAGATATGGATATTGGTGAATTTATTGTACCTGTCCCGTATGTAAAGC

upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA04G04040.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccat--gccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
  |  || |    ||  ||   ||  |   | ||| | ||   | |  |       | |||  |  || | ||   |||   |   ||  | ||   |  || |||||||  | ||||||||||| ||||| || || |||||| |||| |||||||||  |||||| |||||||||||| | || || ||  | || ||||
--gctatttagattatcttcctttgcaatttactaatattctctctagaagaaacttgcatttgagttgtattatgcctggctagattaatgatatttgtagGTTGGTCCTTTGAGATGTTGGCCTGGTGGCTTGTGTCTCTCACGATCCATTGGTGATATGGATGTTGGTGAATTTATTGTCCCTGTACCACACGTAAAGC

upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G47380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttcctt--ttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
      || |     |||    || |||| |   |    | ||    ||  | ||  || | |    |   ||   ||  |  ||   | ||||   |  |||||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||||||| ||||| |||| |||||| || ||||  ||| |||| ||||||||||| ||||
-aactgtcatattgtggtagctttgtagaatgtaacacatagggaaatatctttgtgccgt-caaattgaagagttttgataactaaatcttatttttttagATTGGTCCTCTGAGATGTTGGCCTGGTGGTCTGTGTCTCTCAAGATCCATTGGAGATCTGGATGTTGGCGAATACATTGTTCCAGTTCCTTATGTAAAGC

upper sequence: GRMZM2G044382_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv18s0001g10700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
--tggacatcttccataggttttcttttaga-gtcctattttttggtttgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
  ||    ||| ||||         || ||| |   |  | |  ||||||| | |  | |  |  |   ||    ||   |||| |  |  || ||| | |||||||||||  | ||||| ||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||||  |||||| || || || ||| |||||||||||||||| ||||
tgtgactttctcccatccaaccctattcagatgaaattgtatcaggtttgttgttaggtttaaaacaggctg--aataactagtacactaattctcc-tgcagATTGGTCCTTTGAGATGCTGGCCTGGTGGTTTGTGCCTTTCCCGATCCATTGGTGATATGGATGTTGGAGAGTTCATTGTTCCGGTTCCTTATGTAAAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149071130|gb|EE159529.2|EE159529
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
EST: gi|148971590|gb|EE022306.2|EE022306
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
EST: gi|148993132|gb|EE033731.2|EE033731
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
EST: gi|148939724|gb|EC884406.2|EC884406
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCCAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
EST: gi|88747035|gb|DY531176.1|DY531176
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
EST: gi|32789398|gb|CD941634.1|CD941634
EST:     CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGGCTAAATGTTGTCGGTGGTGCTGAG                         ATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT
genomic: CCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 146

GGTTGGACGTGTAACCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 55

GGTTGGACGTGTAACCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC


Block sizes: 48 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 56

GGTTGGACGTGTAACCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 46

GGTTGGACGTGTAACCGAATGTGGAGGTGAAGTTGGAAGACTAAATGTCGTCGGTGGTGCTGAGgttgctcttt ... atccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC
                      ttttgat  putative branch site (score: 46)
                            tccttagttccttttt  CT-rich tract
                                       ttttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tggacatcttccataggttttcttttagagtcctattttttggtttgtagatgtgatccatgccttcttttgatccttagttccttttttatccatccagATTGGTCCCCTTAGATGTTGGCCAGGTGGTTTATGCCTCTCAAGATCGATTGGTGATCAGGATGTAGGTGAATTTATTATTCCGGTTCCTTATGTGAAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atccatg