1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatatgtactgaagcatgctacttaaatctattaattcctttaagacttagtgtttatgatggtattcatccttcttataattgttttctatttttcctgtttgatccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGGTAGTTGTATCTCCTGATGTTGGAGGTGTTGCCAGGGCACGTGCCTTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G038791_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|76014853|gb|DT942023.1|DT942023
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|91052223|gb|EB162641.1|EB162641
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|148941796|gb|EC886762.2|EC886762
genomic: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|71429936|gb|DR810986.1|DR810986
genomic: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCC-AGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|60350838|gb|DN217811.1|DN217811
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: ACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|71429935|gb|DR810985.1|DR810985
genomic: ACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|76011084|gb|DT938254.1|DT938254
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|76914467|gb|DV165542.1|DV165542
genomic: TCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATEST: gi|94476090|gb|EB705048.1|EB705048
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTAT
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCCTCGC-AGCAAGACAATATGTEST: gi|78118884|gb|DV537268.1|DV537268
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATC-TCGCCAGCAAGACAATATGT
EST: GTCAAGCAATGAGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|91052224|gb|EB162642.1|EB162642
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|60398185|gb|DN231001.1|DN231001
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: CAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|78120522|gb|DV538906.1|DV538906
genomic: CAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|211341635|gb|FL411914.1|FL411914
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|71771273|gb|DR969210.1|DR969210
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|149077159|gb|EE165820.2|EE165820
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTEST: gi|21088968|gb|BQ401281.1|BQ401281
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGT
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|148965187|gb|EE015993.2|EE015993
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|101391941|gb|EB817900.1|EB817900
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGAATATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTTEST: gi|31354058|gb|CD438415.1|CD438415
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTT-
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGEST: gi|148931525|gb|EC874574.2|EC874574
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTEST: gi|26457160|gb|CA828743.1|CA828743
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCT
EST: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAG CCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
genomic: GTCAAGCAATGGGATACTTTGACATCCCAGTAGATCACGTTTATGGCCAGgtatatgtac ... atccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTG
atggtattcatccttcttataattgttttctatttttcctgtttgatccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGGTAGTTGTATCTCCTGATGTTGGAGGTGTTGCCAGGGCACGTGCCTTTG
gtttgat putative branch site (score: 5)
ttcttataattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatgtactgaagcatgctacttaaatctattaattcctttaagacttagtgtttatgatggtattcatccttcttataattgttttctatttttcctgtttgatccgtgaagCCTGTTATTCTTGATTATCTCGCCAGCAAGACAATATGTTCAGATGACTTGGTAGTTGTATCTCCTGATGTTGGAGGTGTTGCCAGGGCACGTGCCTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG