Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacctctccactttattctttggcagttgatactacttggtgctgtctgcattaactctgttcttttgtctactgctttggcaccttaactgtcgcttgtgttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038588_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038588_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g12570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtacctctccactttattctttggcagttgatactacttggtgctgtctgcattaact-ctgttcttttg-tctactgctttggcaccttaactgtcgctt-gtgttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTT
               |         |  || |  | |   ||  | | |  |   ||| || ||||| |  || |||  |||||||||| |||| |  |||  |||| |  ||||| ||| | | |||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||
---------------aacaaggcctaactgttttttccatgtattttatataaagacttcttttcttctactcaacttttttggcacctcaactatttctttatgttgctgacagTGTTAGTCCAGATGTTTACAGAGCTCTTATGAAGGAGCTAGCTCAGACATTGGATAAACAATTCTCTGGAAATTCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGATT

upper sequence: GRMZM2G038588_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0066g02630.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----------------------------------------gtacctctccac---tttattctttggcagttga-----tactacttggtgctgtctgcattaactctgttcttttgtctactgctttggcaccttaactgtcgcttgtgtt-accaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTT
                                          | || || ||     | |||       || | |     | |  || |   || ||||  |    |    |    |   |    | |     | |    | |   ||| |||       ||| | ||||  ||  | |||||||| ||| |||||||||| |||  |||| ||||||  |||||||| || |||||||||||| | || || || ||||| 
gtaacttgcattgtttaacactttttatggttattgtcatctttccccttcatatactaatttccatttagctaagaatgtgcccctggacactttctgtttagtttaaaataaagtcattttgtcctaaattcttctggtatgttttgggtttggtgttagTGTCAATGTAGAGTTATACAAAGTGCTTGTGAAGGAGCTTGCTCGAACACTGGAGAGGCAGTTCTCCGGAAATGCTGAATCTCGAGCTGCTGGCATGGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76290710|gb|DV030278.1|DV030278
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|71329825|gb|DR801629.1|DR801629
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCAAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|149010087|gb|EE041894.2|EE041894
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|148965177|gb|EE015986.2|EE015986
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|71323425|gb|DR798363.1|DR798363
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|149034779|gb|EE155079.2|EE155079
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|211074603|gb|FK960576.1|FK960576
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|78118117|gb|DV536504.1|DV536504
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|71448836|gb|DR829886.1|DR829886
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|149073621|gb|EE161923.2|EE161923
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|148952022|gb|EC897808.2|EC897808
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|71324528|gb|DR798965.1|DR798965
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|78075701|gb|DV504135.1|DV504135
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|211074605|gb|FK960578.1|FK960578
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|148999970|gb|EE037045.2|EE037045
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
EST: gi|91053337|gb|EB163755.1|EB163755
EST:     ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAG                         TATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT
genomic: ATTCCCTTGGAGATGCCACTGGTATACTTCTATGGTCACCCAAATCCAAGgtacctctcc ... ttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgttcttttgtctactgctttggcaccttaactgtcgcttgtgttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTT
                           ccttaac  putative branch site (score: 3)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacctctccactttattctttggcagttgatactacttggtgctgtctgcattaactctgttcttttgtctactgctttggcaccttaactgtcgcttgtgttaccaacagTATTAATGCGGATGTTTACAAAGTTCTTATGAAGGAGCTAGCTAAAACATTGGAGAAACAGTTCTCTGGCAATGCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG