Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgctcatcctgttgtctttcctttgtcgtgggcactatttctttctgactattggcattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGAATACTATATACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037923_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037923_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g07560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgttgctcatcctgttgtctttcctttgtcgtgggc--------actattt---ctttctgactattggcattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGAATACTATATACTT
||||||   | || | ||  |||||| |||||    |           || |||    || |||| ||||  | ||   | |||| | ||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
gtatgtacttaatacagtcatctttcatttgtaccagattattctctgctctttgagtttactgattattaccttt-cctactagTAATCTTAATGGCTGCTATGGCATACCAGCTGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGACTACTATATTCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148933319|gb|EC876976.2|EC876976
EST:     AGTAAAAGAATGCA-TTATGGNNNNNNNATATGAGTGGGCAAGTTTATTA                         CACTCTCATTGGTTGCTATGGCATA
genomic: AGTAAAGGA-TGCAATTATGGCCCCCC-ATATGAGTGG-CAAGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATA
EST: gi|32928688|gb|CF033500.1|CF033500
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCCCCATATGAGTGGCAAGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCCCCATATGAGTGGCAAGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
EST: gi|32929679|gb|CF034491.1|CF034491
EST:     AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCCCCATATGAGTGGCAAGTTTATAA                         CACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA
genomic: AACAGTAAAGGATGCAATTATGGCCCCCCATATGAGTGGCAAGTTTATAAgtatgttgct ... tgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctttcctttgtcgtgggcactatttctttctgactattggcattgtttgctagCACTCTCAATGGTTGCTATGGCATACCATCGGTCCACTACAAGGGTCGTCAGGGCGAATACTATATACTT
                             ttctgac  putative branch site (score: 2)
                      tatttcttt  TA-rich tract