Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttctatgtcttgtttccttagctcagctaccattgcagttgacaaatgtttttatattctcctgtaattttggcaaCCTTCCTTTGCTATGCTACCATTGCCCTGGGAGTGTCCCTGTTCCTCATGCTATATTGTGCTCCATGCTATGGACAAACAAACATAATTGTTTATGTTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037229_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037229_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g65310.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtaagcttctatgtcttgtttccttagctcagctaccattgcagttgacaaatgtttttatattctcctgtaattttgg--caaCCTTCCTTTGCTATGCTACCATTGCCCTGGGAGTGTCCCTGTTCCTCATGCTATATTGTGCTCCATGCTATGGACAAACAAACATAATTGTTTATGTTGG
||||| ||| ||   ||  | | |||||| |  |  ||||| | |||||  ||||||    | | ||||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||  |||  | | ||| || |||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| || |  |||||||| || ||||||||
gtaagtttccatacttt-ctccgttagct-acatggcattggaattgacttatgtttcacaaatgtcctgtaatattggtgcagACTTCCTTTGCTATGCTACCGCTGCAGTAGCAGTATCTCTGTTCCTGATGATATATTGTGCTCCACGGTATGGGCAGATGAACATAATGGTGTATGTTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcagctaccattgcagttgacaaatgtttttatattctcctgtaattttggcaaCCTTCCTTTGCTATGCTACCATTGCCCTGGGAGTGTCCCTGTTCCTCATGCTATATTGTGCTCCATGCTATGGACAAACAAACATAATTGTTTATGTTGG
               agttgac  putative branch site (score: 4)
                    acaaatgtttttatat  TA-rich tract