ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtaatttttatctatctttggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatcttatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G031824_T01
intron #	4
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os09g22440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

----gtaatttttatctatct---ttgg--aaagcttgaattgagtat--gcatgatttatct---tatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG
       ||  | ||  |||    |||    || ||| | ||  |||   | || | | || |   ||| |  |   |||| | | | ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
atggagcatcctgatgcatccaaattgattcaatcttaatttctgtaacagtattagtcatttttgtatattgcta-agttccataatacattgttttcagGTGATGGCTGTTATGTCAATGTGGACTAGGTTACAACCGCTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTTAACAAACGACTTGGGACTGAG

upper sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA02G03160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4

--gtaatttttatctatctt-tggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatctt--------atgtcaccccagtttcg--tcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG
    |||    |||||  |  | |    || | ||| |   || | | | |   |         |||  |  |   ||  |  |   |   ||| | ||||||||  | || ||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | || ||||||
acaaaataaacatctacttcatagttttctcgtattaatattgtaggttctggttccaagagcaatggaattctgtttctgaatggcatgttgtgtgcagGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACAAGAATGCAGCCAGCTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCACTGAACAAGCGGTTAGGGACTGAG

upper sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G17350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3

---gtaatttttatctatctttggaaagcttgaattgag----tatgcatga--tttatctt--atgtcaccccagtttcgtcaaacaa----tgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG
   | |  | | |  || |   |||    |  |||| |     |||  || |   |  |  |  |||  |  | ||||  |     ||     | | | ||||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||  | || || ||  | || ||||| 
cctgcatatctcaaata-caaaggaggcatcaaattaaaattttatttattaagctggttctgaatggaagtctagttctgaatggcatgttctctgtgcaGGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTAGATTGCAGCCAGCTTATTCGGCAAATATGTGGAATGAAGCATTGAATAAGCGGTTAGGGACTGA-

upper sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA01G04400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4

---------gtaatttttatctatctttggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatc--ttatgtcaccccagtttcg--tcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG
           |  |  | | ||  |||       |   ||||    | |  | |  |      |||  |  |   ||  |  |   |   ||| | ||||||||  | || ||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | || ||||||
acaaaagaaacatctactttatagttttttcctattaatattgtaggttctggttccaagagcaatggaagtctgtttctgaatggcatgttgtgtgcagGTAATTTCTGTCATGTCTATGTGGACAAGAATGCAGCCAGCTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCGCTGAACAAGCGGTTAGGGACTGAG

upper sequence: GRMZM2G031824_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0026g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4

-----------------gtaatttttatctatctttggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatcttatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG
                   |||     |   ||||  | | | | || ||   |||   |||  | |   |||| |      |  | |  | | |||||| ||||| ||  | || ||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||  | ||||  || |||
aactgaaaggtcatcattgaatgaccttacttcttgcggatgttagacttctatat---tgaaattttgcatgtaattttc-taacatgtagctatgttttcagGTCATTTCTGTCATGTCTATGTGGACTAGAATGCAGCCAGCATATGCTGAAAATATGTGGAATGAAGCTCTAAATAAGAGGCTTGAGACCGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|32842172|gb|CD981853.1|CD981853

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32925672|gb|CF030484.1|CF030484

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGCTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32850032|gb|CD989713.1|CD989713

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841464|gb|CD981145.1|CD981145

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841170|gb|CD980851.1|CD980851

EST:     GGATCGATACAGTTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32924871|gb|CF029683.1|CF029683

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32924893|gb|CF029705.1|CF029705

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841167|gb|CD980848.1|CD980848

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32925223|gb|CF030035.1|CF030035

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCCCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGGCTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841238|gb|CD980919.1|CD980919

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32921666|gb|CF026478.1|CF026478

EST:     GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32924738|gb|CF029550.1|CF029550

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841288|gb|CD980969.1|CD980969

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32925872|gb|CF030684.1|CF030684

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32924755|gb|CF029567.1|CF029567

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32839582|gb|CD979263.1|CD979263

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32840853|gb|CD980534.1|CD980534

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32835862|gb|CD975540.1|CD975540

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32925065|gb|CF029877.1|CF029877

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32922055|gb|CF026867.1|CF026867

EST:     GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32920261|gb|CF025073.1|CF025073

EST:     GGATCGATGCAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGCCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841249|gb|CD980930.1|CD980930

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32840052|gb|CD979733.1|CD979733

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

EST: gi|32841608|gb|CD981289.1|CD981289

EST:     GGATCGATACAATTGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTG                         GTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA
genomic: GGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 105

CCGGAGCATGGTTGGAAATCCTTATGGCTACCATAACATGATATTTAGCTGGATCGATACAATAGGAGATAATTATCCACCTCCTCTTGATGCTAACCTGgtaattttta ... atgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 255

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 263

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 204

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagtatgcatgatttatcttatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG

         atgatttatcttat  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatttttatctatctttggaaagcttgaattgagtatgcatgatttatcttatgtcaccccagtttcgtcaaacaatgtttacagGTAATGGCAGTTATGTCAATGTGGACTAGATTGCAGCCAGTTTATGCTGCAAACATGTGGAATGAAGCCCTAAACAAACGACTTGGCACTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC