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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaccgtatggttcaatatcagaaaaatgaaacttgtacagttgtacactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G031545_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
---------------------------------------------------------caaccgtatggttcaatatca-gaaaaatgaaacttgtacagttgtacactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA
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gtcatacaaccctagccttgtcttgtttgcctgaaatctgtgaagtgttctagcatagtactgtgaattgtgatttgatgctgtttgcaaattacgtttttgtggttcaatggtgctggttaccatctctaatatatcatcatatcttctaatttcagGCTCCTGCAGCTGATGATGACGATGATGACGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACTGAAGAGGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAGCGTGCTGCTGCTGTCA

upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-caaccgtatggttcaatatcagaaaaatgaaacttgtacagt-tgtacactacttgagtta-catagtttagtcactgaaatccattttctaataacca------cagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA
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gcaagtgtttttctaatgataactgtgattggtttcatgttttcttttcacattgtgtcttaactctaattattgcttgacctttgactgaatgcaatctgtttttcagGCTGCTGTTGCTGAGGATGACGATGATGATGATGTTGATTTGTTTGGTGAAGAGACTGAGGAAGAGAAGAAGGCAGCTGAGGAACGGGCAGCTGCAGTGA

upper sequence: GRMZM2G031545_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G30230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
caaccgtatggttcaatatcagaaaaatgaaacttgtacagttgtacactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA
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-----gtatgcttgatcgtc-------tctatgttttctcataatgtttttgtaaagttgtgcattggggagatttcatatgaatgtgtgtgttttgtagGATGCTGCGGCTGATGAAGAAGATGATGATGATGTTGACCTTTTCGGAGAGGAGACCGAAGAGGAAAAGAAAGCTGCTGAAGAGAGAGCAGCTTCTGTCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211374885|gb|FL313296.1|FL313296
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|30087167|gb|CB885375.1|CB885375
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|22546657|gb|BU098968.1|BU098968
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211040425|gb|FL322724.1|FL322724
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211142586|gb|FL359506.1|FL359506
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211404328|gb|FL336236.1|FL336236
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|33102518|gb|CF062478.1|CF062478
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32841717|gb|CD981398.1|CD981398
EST:     ATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCCACCTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGCCCTTTTTGGTGAG
genomic: ATCCTCAGCAGTTCCTTCAG-CCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32858845|gb|CD998526.1|CD998526
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|20507564|gb|BQ279687.1|BQ279687
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211262808|gb|FL340622.1|FL340622
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211483245|gb|FL325693.1|FL325693
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|22541927|gb|BU092365.1|BU092365
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|6095423|gb|AW120090.1|AW120090
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|18169372|gb|BM339212.1|BM339212
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|40336587|gb|CK370657.1|CK370657
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32841920|gb|CD981601.1|CD981601
EST:     CCTCAGCAGTTCCCTTCAGGCCCCAACTCCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: CCTCAGCAGTT-CCTTCA-GCCCCAACT-CCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|87155405|gb|DY400194.1|DY400194
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32913710|gb|CF018522.1|CF018522
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211361809|gb|FL319110.1|FL319110
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|6964673|gb|AW433366.1|AW433366
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCCTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|16922304|gb|BM075516.1|BM075516
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211158669|gb|FL319011.1|FL319011
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGAAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|6194655|gb|AW146759.1|AW146759
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTTAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|31357209|gb|CD441566.1|CD441566
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|31357284|gb|CD441641.1|CD441641
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211344736|gb|FL330995.1|FL330995
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211177453|gb|FL359126.1|FL359126
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCMGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211529572|gb|FL367193.1|FL367193
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAG
EST: gi|31355245|gb|CD439602.1|CD439602
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|60357948|gb|DN224921.1|DN224921
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211329251|gb|FL352402.1|FL352402
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211532384|gb|FL244249.1|FL244249
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGA
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGA
EST: gi|211537090|gb|FL312461.1|FL312461
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGACGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32843597|gb|CD983278.1|CD983278
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|60357013|gb|DN223986.1|DN223986
EST:     TTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: TTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32847102|gb|CD986783.1|CD986783
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|31355803|gb|CD440160.1|CD440160
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|18167588|gb|BM337428.1|BM337428
EST:     CCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: CCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|29544533|gb|CB604913.1|CB604913
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|32865066|gb|CF004748.1|CF004748
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
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EST: gi|32842451|gb|CD982132.1|CD982132
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EST: gi|37399838|gb|CF637257.1|CF637257
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genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|76936234|gb|DV174646.1|DV174646
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genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|211314801|gb|FL364559.1|FL364559
EST:     AATCGTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|29544047|gb|CB604427.1|CB604427
EST:     TTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: TTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
EST: gi|116821488|gb|EC864801.1|EC864801
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGGCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GGCCCAGTAGCTGAGGAGGACG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACG
EST: gi|32846713|gb|CD986394.1|CD986394
EST:     AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAG                         GCCCCAGCTGCTGAGGAGGAGGACGATGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG
genomic: AATCCTCAGCAGTTCCTTCAGCCCCAACTCCAGATGTTGCTGAAGCACAGgtaaactcaa ... ataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA
                                           taataac  putative branch site (score: 1)
                                     attttctaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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caaccgtatggttcaatatcagaaaaatgaaacttgtacagttgtacactacttgagttacatagtttagtcactgaaatccattttctaataaccacagGCCCCAGTTGCTGAGGAGGACGACGACGATGATGTTGACCTTTTTGGTGAGGAGACCGAAGATGAGAAGAAGGCTGCTGAAGAGCGTGCTGCAGCTGCCA

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
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