1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tttcatgcttcactatgaattttatcatccacaattgaaggtttgtgcttctgtagctactctcatattgattgatcattaactgttttctattttgtagATGAATGTGATCAAGGTATCAAATATTATGGGGATTGACCCTAAACCCTTTGATCCAAAAACATATGTAGAAGAAGATGTTTTTGTTACAGATGAATCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G019879_T02 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTAGACCTGGTGGTTCCATTTAAGCAACCACCAGCTCGACCTGACAAA ATGAATGTGATCAAGGTATCAAATATTATGGGGATTG
genomic: CACTAGACCTGGTGGTTCCATTTAAGCAACCACCAGCTCGACCTGACAAAgtgagctatt ... tattttgtagATGAATGTGATCAAGGTATCAAATATTATGGGGATTG
tgcttctgtagctactctcatattgattgatcattaactgttttctattttgtagATGAATGTGATCAAGGTATCAAATATTATGGGGATTGACCCTAAACCCTTTGATCCAAAAACATATGTAGAAGAAGATGTTTTTGTTACAGATGAATCTG
cattaac putative branch site (score: 67)
ctgttttctatttt CT-rich tract
ttttctattttgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcatgcttcactatgaattttatcatccacaattgaaggtttgtgcttctgtagctactctcatattgattgatcattaactgttttctattttgtagATGAATGTGATCAAGGTATCAAATATTATGGGGATTGACCCTAAACCCTTTGATCCAAAAACATATGTAGAAGAAGATGTTTTTGTTACAGATGAATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
-ttcatgc
- - - - - - - - - - - - -catccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgttt