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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgtcgtttctatgatcaatatcaatgatgttacctttttttatccttttggtgctagtatttatcatctttactgaaatgagttgtcctaatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCCACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017086_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017086_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g36930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
cttgtcgtttctatgatcaatatcaatgatgttacctttttttatccttttggtgctagtatttatcatctttactg-aaatgagttgtcct----aatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCCACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAA
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---aaattgcttaagagcgctattat--atttggcataagcatgttggtcttattttggtgttcttaatctgtgctgcaagtgagatttctctttggaatttcagGGACACAGTGCTGGTCTTTATAACTTGGGGAATACATGTTACATGAATTCCACTTTGCAGTGCCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCTTTATTGA

upper sequence: GRMZM2G017086_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G01480.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-------cttgtcgtttctatgatca-atatcaatgatgttacctttttttatccttttggtgctagtatttatcatctttactgaaatgagttgtcctaatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCCACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAA
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attaattctcattgaatgactagttttatctcattgataactagagaaggaatatttttg-ttttagcatttgattttttttttcctgttggttttccta-------gGGGCATACTGCTGGTCTTTTCAACTTGGGAAACACATGTTATATGAATTCAACATTGCAATGCCTCCATTCTGTGCCTGAGTTAAAGTCAGCTTTGACTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211522096|gb|FL426854.1|FL426854
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211512097|gb|FL429023.1|FL429023
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211043164|gb|FL426037.1|FL426037
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTS-TGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211020022|gb|FL404266.1|FL404266
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211140278|gb|FL369584.1|FL369584
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211542655|gb|FL412583.1|FL412583
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|241994792|gb|GR421145.1|GR421145
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211144966|gb|FL424885.1|FL424885
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|78121540|gb|DV539924.1|DV539924
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211168209|gb|FL421347.1|FL421347
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211449542|gb|FL376102.1|FL376102
EST:     GTCCMGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211504148|gb|FL387155.1|FL387155
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTSTTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211408393|gb|FL407128.1|FL407128
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211066798|gb|FL430461.1|FL430461
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211513751|gb|FL391725.1|FL391725
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211321831|gb|FL416221.1|FL416221
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211059996|gb|FL387688.1|FL387688
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211455945|gb|FL376150.1|FL376150
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTG
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTG
EST: gi|211099805|gb|FL386855.1|FL386855
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACAGGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|32863109|gb|CF002791.1|CF002791
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211008625|gb|FL395313.1|FL395313
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211106564|gb|FL394472.1|FL394472
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTS-TGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|32935100|gb|CF039912.1|CF039912
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211037648|gb|FL421296.1|FL421296
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|32911302|gb|CF016114.1|CF016114
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211219147|gb|FL370888.1|FL370888
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211141642|gb|FL394943.1|FL394943
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTS-TGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211085323|gb|FL409653.1|FL409653
EST:     TCCAGTGTTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: TCCAGTGTTT-GTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211254374|gb|FL402662.1|FL402662
EST:     TCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTC
genomic: TCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATT-GCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTC
EST: gi|74240015|gb|DT647929.1|DT647929
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211431557|gb|FL401073.1|FL401073
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGNGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211141962|gb|FL418179.1|FL418179
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|13237239|gb|BG355253.1|BG355253
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|67017287|gb|CO446036.1|CO446036
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211536230|gb|FL396283.1|FL396283
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211527639|gb|FL412989.1|FL412989
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTKATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGGAATACATGCTATATTGAATT
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGG-AATACATGCTATAT-GAATT
EST: gi|33094903|gb|CF054897.1|CF054897
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211335073|gb|FL428116.1|FL428116
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|31998167|gb|CD661962.1|CD661962
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211459123|gb|FL410721.1|FL410721
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211379399|gb|FL389227.1|FL389227
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGGAATACATGCT
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGG-AATACATGCT
EST: gi|211076695|gb|FL396856.1|FL396856
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211036892|gb|FL381576.1|FL381576
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCT
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCT
EST: gi|211121494|gb|FL373631.1|FL373631
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAANAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|50332356|gb|CO527482.1|CO527482
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
EST: gi|211521051|gb|FL387963.1|FL387963
EST:     GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTG                         GGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC
genomic: GTCCAGTGTTTGTTGAGGATCTACCAGAAGAAGAGCAAGTGATTGCACTGgtacatacca ... taatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttttggtgctagtatttatcatctttactgaaatgagttgtcctaatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCCACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAA
                                          tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                       ttgtcct  CT-rich tract
              tatttatcatcttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttgtcgtttctatgatcaatatcaatgatgttacctttttttatccttttggtgctagtatttatcatctttactgaaatgagttgtcctaatatttagGGTCACAGTGCTGGTCTTTATAACCTTGGGAATACATGCTATATGAATTCCACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAA

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT