1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgtacttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011518_T04 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|16927540|gb|BM080609.1|BM080609
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: TGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|16925700|gb|BM078768.1|BM078768
genomic: TGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: AACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|60357839|gb|DN224812.1|DN224812
genomic: AACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|14324038|gb|BG929515.1|BG929515
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|76285293|gb|DV024861.1|DV024861
genomic: AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|60394445|gb|DN227315.1|DN227315
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|78021761|gb|DV490148.1|DV490148
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|60337699|gb|DN204672.1|DN204672
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|166598077|gb|EG306730.1|EG306730
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAAGCAATGACTCCGAEST: gi|14311493|gb|BG901248.1|BG901248
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGA-GCAATGACTCCGA
EST: TTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|76010832|gb|DT938002.1|DT938002
genomic: TTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACEST: gi|60399444|gb|DN232256.1|DN232256
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
ttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
tgctaat putative branch site (score: 219)
ttttttttaccata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgtacttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
- - - tgtttgt
- - - - - - - - acactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtt