Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgtacttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011518_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g42940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgt--acttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
   | |   ||| | ||   | ||   || |||  | | ||     ||| | |      |      || ||   ||  |   |  | |   ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||  ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||
--gaaaccattggaatagtatgactctgcactagataacttaatggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagtgtagAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAAAGGCG

upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g42940.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-----------------------------------------actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgt--acttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
                                         |  | |   ||| | ||   | ||   || |||  | | ||     ||| | |      |      || ||   ||  |   |  | |   ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||  ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||
gtatgatgatgctaaattttgttggcattgtgcattcacttatgaaaccattggaatagtatgactctgcactagataacttaatggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagtgtagAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAAAGGCG

upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g42940.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
---actagatgtttgtactacactaacgaagctctaatttagttgt--acttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
   |  | |   ||| | ||   | ||   || |||  | | ||     ||| | |      |      || ||   ||  |   |  | |   ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||  ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||     
cttatgaaaccattggaatagtatgactctgcactagataacttaatggctttattatttgccactgaattgttgctcacccatgtaatgtatctgctagTGTAGAGGGGCGCAATGACTCCGATGGAAGTATGCGAGGGCCTTGGTCTATATGACCTGAACAACCGTATATGGCATATCCAAGGAACCTGTGCTCTCAA-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5871721|gb|AW018192.1|AW018192
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|16927540|gb|BM080609.1|BM080609
EST:     TGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: TGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60399444|gb|DN232256.1|DN232256
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|78021761|gb|DV490148.1|DV490148
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|76932676|gb|DV173112.1|DV173112
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|14324038|gb|BG929515.1|BG929515
EST:     AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|166598077|gb|EG306730.1|EG306730
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAAGCAATGACTCCGA
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGA-GCAATGACTCCGA
EST: gi|14311493|gb|BG901248.1|BG901248
EST:     TTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: TTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|16925700|gb|BM078768.1|BM078768
EST:     AACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: AACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60394445|gb|DN227315.1|DN227315
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaatgcccagcctccttttttttaccatactgatgttcttcatgctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG
                                            tgctaat  putative branch site (score: 2)
                 ttttttttaccata  TA-rich tract