Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttttttttgataattgagtgtgcctggaacatggtgtaaaagtatttcaggattatatataatgcacgcgtttatgtgttttctttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011456_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211230912|gb|FL222481.1|FL222481
EST:     CCTATGGATGGTGATCTTGATAAA-TAAAGA-CAACAACACACGCTACAG                         AGTGAA-TAGCAGACTCATGGGGATTATGGAATTCATTTCAGAT-GCTAT
genomic: CCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAAC-CAC---AC-Ggtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATT-CAGATTGCTAT
EST: gi|71311078|gb|DR791853.1|DR791853
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|71311078|gb|DR791853.1|DR791853
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|71311078|gb|DR791853.1|DR791853
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|71300983|gb|DR786520.1|DR786520
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|71300983|gb|DR786520.1|DR786520
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|71300983|gb|DR786520.1|DR786520
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|89762829|gb|DY690269.1|DY690269
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         AGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT
EST: gi|91876145|gb|EB406102.1|EB406102
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|91876145|gb|EB406102.1|EB406102
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|91876145|gb|EB406102.1|EB406102
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|74233408|gb|DT641322.1|DT641322
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         AGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT
EST: gi|89251153|gb|DY622939.1|DY622939
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|89251153|gb|DY622939.1|DY622939
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|89251153|gb|DY622939.1|DY622939
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         C
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacag-
EST: gi|78117239|gb|DV535626.1|DV535626
EST:     CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACG                         AGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT
genomic: CCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 318

TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 200

TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 171

TTGTGGCTTAGGTTGCCTCTGGAGAAGTCCGAGCCTATGGATGGTGATCTTGATAAAATAAAGAACAACAACCACACGgtaatttttt ... ttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtatttcaggattatatataatgcacgcgtttatgtgttttctttagctacagAGTGAAATAGCAGACTCATGGGAATTATGGAATTCATTCAGATTGCTATGTGACCATAGTAGCCAACTATGCGTGGCACTTGATATTTC
                                     tgttttcttt  CT-rich tract
         aggattatatataat  TA-rich tract