1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ccttacggcaatagtactgttttatgtatgcttggagctgtgtccgatcttaatgttgaccagctacaaaagccctattaataacatggtggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGGAGGTGGTGGATCCTGACATGGAGTTGAAACCAGCGATTCGTGCTCTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G010953_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|61118273|gb|DN559234.1|DN559234
genomic: GCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|88749325|gb|DY533466.1|DY533466
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|16746104|gb|BM032534.1|BM032534
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|18384770|gb|BM417969.1|BM417969
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|149079749|gb|EE168749.2|EE168749
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|33092310|gb|CF052304.1|CF052304
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCCGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|88752191|gb|DY536332.1|DY536332
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|148995005|gb|EE034340.2|EE034340
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: GGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|78121330|gb|DV539714.1|DV539714
genomic: GGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|89759882|gb|DY688555.1|DY688555
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|18384771|gb|BM417970.1|BM417970
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|61118274|gb|DN559235.1|DN559235
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGEST: gi|31358946|gb|CD443303.1|CD443303
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
EST: AAGCAGGGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAG GTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
genomic: AAGCAGTGACTGGGAGGGATCCAGTTGACTATGGTCGGCCTGCTAATGAGgtgagcatct ... ggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAG
gatcttaatgttgaccagctacaaaagccctattaataacatggtggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGGAGGTGGTGGATCCTGACATGGAGTTGAAACCAGCGATTCGTGCTCTGA
taataac putative branch site (score: 391)
tattaataacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccttacggcaatagtactgttttatgtatgcttggagctgtgtccgatcttaatgttgaccagctacaaaagccctattaataacatggtggttgtgcagGTTCATCTGGTGGAGTGGCTGAAAATGATGGTTGGCACTAGAAGAGCCGAGGAGGTGGTGGATCCTGACATGGAGTTGAAACCAGCGATTCGTGCTCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - -actgttt
- - - - - - - - - - - - tgtatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -ggagctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaca