Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcatgcactgaattacaatagttacactcttctatatgagatttatgtagagtggtgcttaggttcttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009845_T02
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009845_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g06350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gcatgcactgaatta---caatagttacactcttctatatgagatttatgtagagtggtgcttaggtt---------------cttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG
| |||     | |||    || | ||| | | | |  |  | ||  | |   |  || || |||| ||               ||||||||||     || |||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |    ||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||
gtatgtcaacagttaacagaagaattataatttccc-tgagggacctgtactgcatgatgtttagattgttacatttctctctctttttttttaaatcttcgcagGCTGTATGGGCTCTGGGAAATGTGGCTGGTGACTCACCAAAATGCCGTGACCTGGTGCTTGCAAGTGGTGGGTTATACCCATTGTTGCAACAGCTTAATG

upper sequence: GRMZM2G009845_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S165_54V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---gcatgcactgaattacaata----gttacactcttctatatgagattt-atgtaga---gtggtgcttaggttcttttttttttgtgttttg--cagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG
    ||     |||  |  |       || |  || || |  |   ||||| |||  ||   || ||||  |  |   | ||  | |    ||||  ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || || |||||||| || ||  |||| ||||| |   |  | ||  ||||    |||||||  |
gtttcacattgtgatctttagctaggtgtcatgcttttgtcgactggatttcatgctgaccagttgtgccgacttgactgttaatattctctttgaacagGCTGTATGGGCTTTGGGAAACGTTGCTGGTGATTCGCCGAAATGCCGTGACCTTGTTTTAGGTCATGGGGCCTTGATGCCTCTGCTTGCGCAGCTTACGG

upper sequence: GRMZM2G009845_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S230_50V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------gcatgcactgaattacaatagttacactcttctatatgagatttatgtagagtgg-----tgcttaggttcttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG
         | | | | ||| |   ||  | ||  | || ||   |    |  ||   || ||      | || ||   |  | |    |   ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | ||||| || ||   |||||| |   |  | ||  ||||    ||||||| ||
tgatgtaatgaaggtaatga-tactaagtgctattcactcctgagtttcttcaataatgactgtcttcttactgagaacccgtgtcaccttgtttttgcagGCTGTATGGGCATTAGGGAATGTAGCGGGTGACTCTCCAAAGTGCAGAGATCTTGTTCTTAACCATGGCGCTTTGATGCCTCTGCTTGCTCAGCTTACTG

upper sequence: GRMZM2G009845_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ38593 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gcatgcactgaattacaatagttacactcttctatatgagatttatgtagagtggtgcttaggttcttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG
                           | || | | |   ||||    ||       ||| |  |||    |||    ||   |||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||  |         ||   |  | || |||||   |||||| || |
-----------------------gtgattttttctcttgtatttccaaag-------cttggaatctgacatttcctggtaccgcagGCAGTATGGGCTCTTGGCAATGTTGCTGGCGACTCTCCGAAGTGCCGAGATCTCGTCTTGAATAGCAATGCCATGATGCCGTTGCTAGCACAGCTGAACG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211002610|gb|FL253498.1|FL253498
EST:     CATCTTTGTTAAGCTCCTCAAACTC-AATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
genomic: CATCTTTGTTAAGCTCCTCAA-CTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTT-AGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
EST: gi|211005393|gb|FL253513.1|FL253513
EST:     CATCTTTGTTAAGCCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCCTGTATGGGGCTTTTAGGGAATGGTTGC
genomic: CATCTTTGTTAAGC-TCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGC-TGTATGGG-CTTT-AGGTAATG-TTGC
EST: gi|9952266|gb|BE638849.1|BE638849
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|148966362|gb|EE017351.2|EE017351
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211008169|gb|FL253526.1|FL253526
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCC
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCC
EST: gi|67031523|gb|CO460272.1|CO460272
EST:     ATCTTTTGTTA-GCTCCCTCA-CTCCNATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGGTGCTGGTGACTCCCCAA-GTGCCGTGAT
genomic: ATCTTT-GTTAAGCTCC-TCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211224828|gb|FL228413.1|FL228413
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCCTTTAGGTAATAGTTGCTGGTGACTCCCCAAAAGTGCCCT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGC-TTTAGGTAAT-GTTGCTGGTGACTCCCCAAA-GTGCCGT
EST: gi|211220703|gb|FL228389.1|FL228389
EST:     CCATCTTTGTTTAGCTCCTCA-CTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGAAATGTTGCTGGT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGT
EST: gi|60345381|gb|DN212354.1|DN212354
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211008171|gb|FL253528.1|FL253528
EST:     CATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCNGAG-ATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGGCTTTA
genomic: CATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGC-GAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGG-CTTTA
EST: gi|211010949|gb|FL253542.1|FL253542
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211005396|gb|FL253516.1|FL253516
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAAATGT-GCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAA-TGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
EST: gi|211224823|gb|FL228408.1|FL228408
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: C-ATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|74241129|gb|DT649043.1|DT649043
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211005392|gb|FL253512.1|FL253512
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACCG                         GCTGTATGGGCTTTTAGGTA
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTT-AGGTA
EST: gi|76926668|gb|DV170963.1|DV170963
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211224830|gb|FL228415.1|FL228415
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTC-AATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCCAAGTGCGGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211010951|gb|FL253544.1|FL253544
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|148991022|gb|EE032463.2|EE032463
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211005397|gb|FL253517.1|FL253517
EST:     TCTTTGGTTAAGCTCCCTCA-CTCCCATAGCGAGGATGGTCGTGAAACAG                         -CTGTATGGGCTTTAGG
genomic: TCTTTG-TTAAGCTCC-TCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAA-CAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGG
EST: gi|32849173|gb|CD988854.1|CD988854
EST:     CATCTTTGTCAAGCTACTCAACTCCC-TCAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAAT-AGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|211220697|gb|FL228383.1|FL228383
EST:     CCATCTTTGNTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTTAGGTA
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTT-AGGTA
EST: gi|211222770|gb|FL228404.1|FL228404
EST:     CANTCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCCGTGA
genomic: CA-TCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCC-GTGA
EST: gi|211002613|gb|FL253501.1|FL253501
EST:     CATCTT-GTTAAGCTCCCTCA-CTCCCATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAAATGT-GCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
genomic: -ATCTTTGTTAAGCTCC-TCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAA-TGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGA
EST: gi|148994071|gb|EE033948.2|EE033948
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
EST: gi|148952930|gb|EE152401.2|EE152401
EST:     CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAG                         GCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT
genomic: CCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 323

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 333

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 345

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 314

ATCAGGCACATCAGAGAACACTAAGGTGGTGGTTGAGAGTGGTGCTGTGCCCATCTTTGTTAAGCTCCTCAACTCCAATAGCGAGGATGTTCGTGAACAGgcatgcactg ... tgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatgagatttatgtagagtggtgcttaggttcttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG
                               ttcttttttttttgtg  CT-rich tract
                                  ttttttttttgtgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcatgcactgaattacaatagttacactcttctatatgagatttatgtagagtggtgcttaggttcttttttttttgtgttttgcagGCTGTATGGGCTTTAGGTAATGTTGCTGGTGACTCCCCAAAGTGCCGTGATCTGGTGCTAGGCCATGGTGGGCTATTCCCCTTGCTGCAACAGCTTAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC