Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005737_T01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005737_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g01840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG
||  |||||| | | ||  ||||||     ||  ||| |  |  ||   ||||||  | |||         ||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||   |||||  ||| || || ||||||  ||  || |||||||||||||  || |||
gtaggtttct-tctaatgcacctat-----ttcttgtttcaaacattcaaccttttctgtttag------gttctattacaacatatttgattagctgaattgtcagGTACAATGCAACAATTGAAGAACTGACAGAAAACGGCTATTATGTAAGCTTTGAGGGCTGGGGAAACAAAGAGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211368456|gb|FL037566.1|FL037566
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCTTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144983|gb|FK968676.1|FK968676
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACA
EST: gi|113701598|gb|EE679102.1|EE679102
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144986|gb|FK968679.1|FK968679
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTT
EST: gi|211371102|gb|FL037574.1|FL037574
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144976|gb|FK968669.1|FK968669
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTA
EST: gi|211147843|gb|FK968702.1|FK968702
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|60399699|gb|DN232509.1|DN232509
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211371099|gb|FL037571.1|FL037571
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|71449332|gb|DR830382.1|DR830382
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211146412|gb|FK968685.1|FK968685
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGAAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGC
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGC
EST: gi|211371101|gb|FL037573.1|FL037573
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGAT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGAT
EST: gi|148939314|gb|EC883829.2|EC883829
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|93282956|gb|EB675220.1|EB675220
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211368451|gb|FL037561.1|FL037561
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211368454|gb|FL037564.1|FL037564
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|60398835|gb|DN231651.1|DN231651
EST:     GATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: GATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|31357633|gb|CD441990.1|CD441990
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211146414|gb|FK968687.1|FK968687
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGA-AATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211147840|gb|FK968699.1|FK968699
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTSTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAAACGTTGAAGCTTTGA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGA
EST: gi|67018352|gb|CO447101.1|CO447101
EST:     GTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCTACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: GTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|78075367|gb|DV503801.1|DV503801
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144989|gb|FK968682.1|FK968682
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCA
EST: gi|211143550|gb|FK968666.1|FK968666
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTKTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTT
EST: gi|211368457|gb|FL037567.1|FL037567
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTT
EST: gi|24765200|gb|CA400359.1|CA400359
EST:     TGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211371098|gb|FL037570.1|FL037570
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAG
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAG
EST: gi|60394898|gb|DN227767.1|DN227767
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG
     tatttttca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA