1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tgcatatatgacaatcactgccattgtgctcaaaaggaacctttcactttctagttgatgtcttgatgttcttttgaaatcactttcaactttcaaacagGTGCTATTTGACGTAGTCCCAGGAATAAAATTTCAAGATGCGATCGAGCTTGTTGGTATGCAGCCACTTCCTTCAACAACTGCCGCTTGGAAGAG
species | Zea mays |
transcript | AC203366.4_FGT001 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actttctagttgatgtcttgatgttcttttgaaatcactttcaactttcaaacagGTGCTATTTGACGTAGTCCCAGGAATAAAATTTCAAGATGCGATCGAGCTTGTTGGTATGCAGCCACTTCCTTCAACAACTGCCGCTTGGAAGAG
tcttgat putative branch site (score: 5)
ctttc putative PPT
ttttgaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcatatatgacaatcactgccattgtgctcaaaaggaacctttcactttctagttgatgtcttgatgttcttttgaaatcactttcaactttcaaacagGTGCTATTTGACGTAGTCCCAGGAATAAAATTTCAAGATGCGATCGAGCTTGTTGGTATGCAGCCACTTCCTTCAACAACTGCCGCTTGGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
tgcatat
- - - - - - - - actgcca
- - - - - - - - - - - - tgtgctc
- - - - - - - - - - - - - - - -aaaaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtt