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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gacaagccctaagcagtttaaacaatcctggataatgctatgattgaacgtgtacggtaacactgcttgattaatctcacacatgatctcaacatttcagGAATTCTTGAGATGGAAGGTACCAAGGCCATATGCCCCTCGCAATAGTAGTGGCCGAAGTATCCAAGACTTATCATTTGGTTAAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057402_T02
intron # 33
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057402_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 33
lower sequence: LOC_Os02g27110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 41
gacaagccctaagcagtttaaacaatcctggataatgctatgattgaacgtgtacggtaacactgcttgattaatctcacacatgatctcaacatt--tcagGAATTCTTGAGATGGAAGGTACCAAGGCCATATGCCCCTCGCAATAGTAGTGGCCGAAGTATCCAAGACTTATCATTTGGTTAAAAG-------------
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ccggatatgtatacatgttcagctaac-tacttgttacagt-attgagcaagttttctagtctcgtttggttaatatgaagggttctgtcaacattcttcagGAATTGCTGAGATGGAAGGTACCAAGACCATATGCCCCTCGCAACACTAGTGGTCGTACCGTTCAGGACTTATCATATGGTTAGATGACAAATGCTCTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|166448508|gb|EG170060.1|EG170060
EST:     TCGGCAATTGACAAAGCTTATAAAAGCTTACGGTCCAAACTCGTTGAAG                         GAATTCTTGAGATGGAAGGTACCAAGGCCATATGCCCCTCGCAATAAGTAG
genomic: TCGGCAATTGACAAAGCTTAT-AAAGCTTACGGTCCAAACTCGTTGAAGgtatgtgaag ... aacatttcagGAATTCTTGAGATGGAAGGTACCAAGGCCATATGCCCCTCGCAATA-GTAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaacgtgtacggtaacactgcttgattaatctcacacatgatctcaacatttcagGAATTCTTGAGATGGAAGGTACCAAGGCCATATGCCCCTCGCAATAGTAGTGGCCGAAGTATCCAAGACTTATCATTTGGTTAAAAG
                            atctcac  putative branch site (score: 3)
                     ttgattaat  TA-rich tract