Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctattttgtctgtcatgttagtcttaaataatacctttagttcttaagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattctttctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
ctattttgtctgtcatgttagtcttaaataatacctttagttcttaagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattctttctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT
 ||   |||   | |  || |  | |  |   | || ||| |       | |||  ||  ||||| | |||   | ||| | ||||||     ||| ||||||||||||||| || |  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||| || ||||||
gtaagctgttgttgagttttgattcatttgggaactataggtt-----ggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctc----actgtagTGCTAAGCTTGTGGACCTTGCTCTTGCCTCTGGGAAAATTTATGATGGAGAGGGGTTCAATTACATCAAAGAATGTTTTGACAAGGGTACCCTGCACCTT

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ctattttgtctgtcatgttagtcttaaataatacctttagttcttaagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattcttt-----ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT
        |  |  ||| ||    ||    |||  | |   | |||| | |    |    ||||    ||||  |  |       | | |      | | | |||||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| || |||| |||||||| ||| ||  | || || 
---ccccattagctatgcta--tatagtctatatttcttagttttaaaattattcatagcatgtgtgatgattgggatatcttggtttgtgattgttcattttagTGCTAAGCTTGTCGACCTTGCTCTAGCCTCTGGAAAAATTTTTGAAGGAGAAGGTTTCAAGTACATAAAGGAATGTTTTGAAAATGGCACATTGCATCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330938|gb|DR802276.1|DR802276
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33102738|gb|CF062698.1|CF062698
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135945|gb|FK961385.1|FK961385
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136895|gb|FK961399.1|FK961399
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAA-GCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-A
EST: gi|211136889|gb|FK961393.1|FK961393
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135008|gb|FK961373.1|FK961373
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGT-CTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137829|gb|FK961411.1|FK961411
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533692|gb|FL186346.1|FL186346
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135007|gb|FK961372.1|FK961372
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGAYGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135946|gb|FK961386.1|FK961386
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135939|gb|FK961379.1|FK961379
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTNTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135943|gb|FK961383.1|FK961383
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTT-TGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135941|gb|FK961381.1|FK961381
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAAGATTTATGATGGAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAA-GATTTATGATGGAG
EST: gi|148961947|gb|EE012741.2|EE012741
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136902|gb|FK961406.1|FK961406
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137828|gb|FK961410.1|FK961410
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136891|gb|FK961395.1|FK961395
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134061|gb|FK961356.1|FK961356
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134998|gb|FK961363.1|FK961363
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135009|gb|FK961374.1|FK961374
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGCAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-AG
EST: gi|211135942|gb|FK961382.1|FK961382
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|6526987|gb|AW216215.1|AW216215
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135004|gb|FK961369.1|FK961369
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211207538|gb|FL070014.1|FL070014
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136898|gb|FK961402.1|FK961402
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33102595|gb|CF062555.1|CF062555
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136890|gb|FK961394.1|FK961394
EST:     AGTGAAGTTG-TCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33103838|gb|CF063798.1|CF063798
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135000|gb|FK961365.1|FK961365
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533691|gb|FL186345.1|FL186345
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135012|gb|FK961377.1|FK961377
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattctttctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT
                                           ttctaac  putative branch site (score: 1)
                                     cattctttct  CT-rich tract
                                              taactata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctattttgtctgtcatgttagtcttaaataatacctttagttcttaagagttcatactagatgttctctgatctgagtgctgcattctttctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - -catgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgctgc