1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctaggttgtgtcaagcgaacaatgttttcaacttttgatgatggcagatggctcaaggacacgccttctgttccttgatcttgtaaacaatgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGGATAAAACAAGAAATGAAAGCAAGAGAAGCTCAGAGTCGGGCAGCTGAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G824843_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCGTTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|211541873|gb|FL034149.1|FL034149
genomic: GCCGTTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|211541872|gb|FL034148.1|FL034148
genomic: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|211538865|gb|FL034144.1|FL034144
genomic: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|71428569|gb|DR809619.1|DR809619
genomic: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: GCCGTTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|211541869|gb|FL034145.1|FL034145
genomic: GCCGTTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGEST: gi|211541870|gb|FL034146.1|FL034146
genomic: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
EST: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGA GTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
genomic: TTTGGCATCGAAGGCAGTTATTTGTGTCTACACCAACAACAATTGAgtaagatttt ... tgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAG
agatggctcaaggacacgccttctgttccttgatcttgtaaacaatgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGGATAAAACAAGAAATGAAAGCAAGAGAAGCTCAGAGTCGGGCAGCTGAA
ccttgat putative branch site (score: 5)
tgtttccc putative PPT
taaacaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaggttgtgtcaagcgaacaatgttttcaacttttgatgatggcagatggctcaaggacacgccttctgttccttgatcttgtaaacaatgtttcccagGTGTGTCTTTGTTGATGCTGGAGTGGCAGCGATTGACATTGAAACAAAAAGGATAAAACAAGAAATGAAAGCAAGAGAAGCTCAGAGTCGGGCAGCTGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA