Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtgcgtgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G812553_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03400.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--gtgcgtgcg-tgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG
  |||  || | |  ||     | ||  | || | | |  ||  |||| |||  |   | | |  |   |      ||    |  | || | |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||
gtgtgtatgggcttcctatagctgccagtatccaat-tgttaatttccccttt-tggttttcttgttacaatgtgtgtatgatgatgatga-tgtagGCTGTAAAGGATGGGGCTGATGCCGTGATTGCTGTTGGTGGTGATGGAACACTTCATGAG

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G47330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgcgtgcgtgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG
      |  |   |  | ||      |  ||||    |   |  ||  || |  | | | | |    | | || ||    | |  |   |||||||||||| ||| |||| |||||| || || ||||||||||| ||||| || |||||||| 
------ggttagtttggagtgtttgagataagttggttttatctcagctgatt-ccaatgagttgttgaattgctgt--ccttgttctatgtaGGCTATAAGGGAGGGGGCTGATGCTGTCATTGCTGTTGGAGGAGATGGAACTCTTCATGA-

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G39010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtgcgtgcgtgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG
      |   |  || | ||      |  ||||    |   |  || ||| |  | ||    | | |  | | ||  |      | || |||||||||||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||
------gtcagtttg-gagtgtttgagataagttggttttatgtcaattgcttccaatgagttgtta--aatcgttgtccttgcacta-tgtagGCTATAAGGGAGGGGGCTGATGCCGTCATTGCTGTTGGAGGTGATGGAACTCTTCATGAG

upper sequence: GRMZM2G089860_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G46090.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-----gtgcgtgcgtgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagca----ctggtgatg-tcctaattactgt---agGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG
     | |              |    | |||    ||  | ||   ||    | ||  | ||||  | | |  |    |   || || | |||||||   |   ||||||||| |||||| |  ||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||
gtaaggagtagtgaaagtaatatactactttgctgggtacagtattctctgtcttgt--cgatttggttttatgatgatcctctgttgcttctaattatcctctcagGCTATAAGGGATGGTGCAGATGCTGTCATTGCGGTTGGAGGTGATGGAACACTTCATGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075654|gb|DV504088.1|DV504088
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|40334416|gb|CK368486.1|CK368486
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|50336722|gb|CO531848.1|CO531848
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|71764065|gb|DR962002.1|DR962002
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211467175|gb|FK976084.1|FK976084
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|91878207|gb|EB408164.1|EB408164
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|76285904|gb|DV025472.1|DV025472
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|89759547|gb|DY688342.1|DY688342
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469692|gb|FK976089.1|FK976089
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGT-ATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469691|gb|FK976088.1|FK976088
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCGTCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|30307231|gb|CD001904.1|CD001904
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|149080870|gb|EE169951.2|EE169951
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211467172|gb|FK976081.1|FK976081
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469695|gb|FK976092.1|FK976092
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|93281461|gb|EB673725.1|EB673725
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469693|gb|FK976090.1|FK976090
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCGTCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTTATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|76021472|gb|DT948642.1|DT948642
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|27522138|gb|CA989244.1|CA989244
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|148976019|gb|EE025878.2|EE025878
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|50322460|gb|CO517586.1|CO517586
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|30087318|gb|CB885526.1|CB885526
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|50334433|gb|CO529559.1|CO529559
EST:     CATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: CATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|71774560|gb|DR972438.1|DR972438
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|91051589|gb|EB162007.1|EB162007
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|78085115|gb|DV513508.1|DV513508
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|78078210|gb|DV506625.1|DV506625
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|91878508|gb|EB408465.1|EB408465
EST:     CGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACCAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTAC
genomic: CGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCAC-AAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTAC
EST: gi|78105462|gb|DV523880.1|DV523880
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|71436209|gb|DR817259.1|DR817259
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|67022745|gb|CO451494.1|CO451494
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAATGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|50339595|gb|CO534721.1|CO534721
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGCTGGAGGTGATGGCACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|91873291|gb|EB403248.1|EB403248
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|91050474|gb|EB160892.1|EB160892
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|78113487|gb|DV531878.1|DV531878
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|33467744|gb|CF244793.1|CF244793
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469689|gb|FK976086.1|FK976086
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|40335239|gb|CK369309.1|CK369309
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|78121935|gb|DV540319.1|DV540319
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|71298751|gb|DR785364.1|DR785364
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211467171|gb|FK976080.1|FK976080
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211467174|gb|FK976083.1|FK976083
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCGTCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|211469696|gb|FK976093.1|FK976093
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|31363680|gb|CD448037.1|CD448037
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|71436272|gb|DR817322.1|DR817322
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|38687767|gb|CK144798.1|CK144798
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAATGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|30087080|gb|CB885288.1|CB885288
EST:     GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: GCGAGTGCATCACTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
EST: gi|31406361|gb|CD485093.1|CD485093
EST:     CTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAG                         GCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA
genomic: CTTCGGGCCCATCCCATGCCATAGATGTCACAAGGGAGgtgcgtgcgt ... attactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG
                                        tcctaat  putative branch site (score: 2)
            taactatttaatctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcgtgcgtgactgcgtgtccccttgtcaagtgtactaggttccacttggtaactatttaatctaagcactggtgatgtcctaattactgtagGCTATAAAGGATGGGGTTGATGCCGTGATAGCTGTTGGAGGTGATGGTACACTTCATGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG