Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccatgttttgtccccacttgttggtagggttatccctagatgatgatttcccttatgctctctcctttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G800734_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os09g33810.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaccatgttttgtccccac--ttgttggtagggtta--tccctagatgatgatttcccttatgctctctcct-ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA
||| |||||| |||  |||   |  |    ||    |  |  |   ||| |  ||  | | | | | ||| ||     | | |||||||||  |||||||||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||| || ||||
gtatcatgttatgtttccagagtcatcaccagaaaaaattttcagaatgtttcttcgcttcaagttttctgctacgcatgacagGATCCTGGAATGTCCAGTATGCTCGAGAGTTTGACTAGTCCTTCTCATAAGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGA

upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
------------------gtaccatgttttgtccccac-ttgttggtagggttatccctagatgatg--atttccc---ttatgctc---tctcctttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA
                  ||    |    | |  |    || ||  |     |||    | || ||   ||||  |   |||   |    |  | | |||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||| ||| | | |||| | || ||||| |||||||| || || ||||| || || || ||||||||||| ||||
gtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcagGATCCATCTATGTCCAGCATGCTTGAGAATTTGGCTAATCCAACACACAAGGACCAGCTTGAAGAAAGAATGGCACGCATTAAAGAAGATCCATCATTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211269360|gb|FL417928.1|FL417928
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211319046|gb|FL374772.1|FL374772
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211542101|gb|FL388067.1|FL388067
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAGTGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|21809484|gb|BQ667802.1|BQ667802
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|213175660|gb|FM183110.1|FM183110
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|116823815|gb|EC867386.1|EC867386
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGA
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGA
EST: gi|22546077|gb|BU098398.1|BU098398
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211418388|gb|FL391640.1|FL391640
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|20507180|gb|BQ279520.1|BQ279520
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211042826|gb|FL411665.1|FL411665
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|13316075|gb|BG410522.1|BG410522
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|31558362|gb|CD527574.1|CD527574
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|14242838|gb|BG840655.2|BG840655
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|20301094|gb|BQ164037.1|BQ164037
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211062797|gb|FL382546.1|FL382546
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|91869881|gb|EB400588.1|EB400588
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211525125|gb|FL427343.1|FL427343
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211082181|gb|FL396892.1|FL396892
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|32860620|gb|CF000302.1|CF000302
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|37398879|gb|CF636759.1|CF636759
EST:     TCAGTTTGTTTC-ATGGCAGAGCGTCTGGGGAATGCCCTTATGCAG                         GAT-CTGCNTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAA
genomic: TCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGC-TATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAA
EST: gi|19058108|gb|BM736775.1|BM736775
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGNCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|20300887|gb|BQ163830.1|BQ163830
EST:     TGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: TGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|13316076|gb|BG410523.1|BG410523
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211387599|gb|FL400575.1|FL400575
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211051648|gb|FL410420.1|FL410420
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACC
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACC
EST: gi|211490699|gb|FL394416.1|FL394416
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GANCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATA
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATA
EST: gi|211050742|gb|FL374473.1|FL374473
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211322030|gb|FL425792.1|FL425792
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|19057756|gb|BM736423.1|BM736423
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211494459|gb|FL428225.1|FL428225
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211377247|gb|FL413756.1|FL413756
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGAGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCA
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCA
EST: gi|19058225|gb|BM736892.1|BM736892
EST:     TGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGNCCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: TGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
EST: gi|211206607|gb|FL376335.1|FL376335
EST:     ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAG                         GATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG
genomic: ACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 275

TGCATTGGATCCTCAACAGTATATGGAAACAATGCAACAAGTCATGCAAAACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 424

TGCATTGGATCCTCAACAGTATATGGAAACAATGCAACAAGTCATGCAAAACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 356

TGCATTGGATCCTCAACAGTATATGGAAACAATGCAACAAGTCATGCAAAACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 250

TGCATTGGATCCTCAACAGTATATGGAAACAATGCAACAAGTCATGCAAAACCCTCAGTTTGTGTCAATGGCAGAGCGTCTTGGGAATGCCCTTATGCAGgtaccatgtt ... ttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtagggttatccctagatgatgatttcccttatgctctctcctttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA
                         tttcccttatgctctc  CT-rich tract
                                            tttttttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaccatgttttgtccccacttgttggtagggttatccctagatgatgatttcccttatgctctctcctttttttatagGATCCTGCTATGTCCAGTATGCTTGAGAACTTGACCAGTCCAGCTCATAAGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA