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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttctaaattcaatataaacatcatatcacacattcctggttcgccactagaatctcactgtgaatccacggttgcttacatattctgtttatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G446960_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G446960_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g73160.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-cttctaaattcaatataaacatcatatcacacattcctggttcgccactagaatctcactgtgaatccacggttgcttacatattctgtttatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG
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upper sequence: GRMZM2G446960_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------------------------------cttctaaattcaatataaac----atcatatcacacattcctggttcgccactagaatctcactgtg-aatccacggttgcttacatattctgtttatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG
                                                                                                    | | | | |||| | ||     |||   |   |    | || || |    |    ||| |   || ||     | ||  ||  | ||| || || |    ||| || || ||||| | |||||| || || || |||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||| ||  |||||||||| |||||||   |    
gtaatgactcaattttgagttgatgttcggtgatttatttatttatttatttatttattattctgttgttaaacaatttggtgcgcattggggttaatggtttgattacaatgtgaattgggatctgtttggattgccatgttttgtttttgagttcttatgatgtaaaatgggttttgttgaaaattgtgatttt----cagTGGTCCACCTCGCTTTGAAGGAGATAGACCAAGGTTTGGTGACCGGGATGGGTACCGTGGAGGTCCACGAGGACCTCCAGGTGAGTTTGGTGACAAGGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211459396|gb|FL082784.1|FL082784
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
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EST: gi|71440182|gb|DR821232.1|DR821232
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EST: gi|31405659|gb|CD484391.1|CD484391
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EST: gi|211459404|gb|FL082792.1|FL082792
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EST: gi|15499458|gb|BI595971.1|BI595971
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EST: gi|74240592|gb|DT648506.1|DT648506
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EST: gi|37397301|gb|CF635946.1|CF635946
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EST: gi|78084267|gb|DV512660.1|DV512660
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EST: gi|18178336|gb|BM379546.1|BM379546
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EST: gi|211351550|gb|FL082748.1|FL082748
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EST: gi|211353957|gb|FL082763.1|FL082763
EST:     AAKCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATG
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EST: gi|29130904|gb|CB381608.1|CB381608
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EST: gi|71327344|gb|DR800282.1|DR800282
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EST: gi|101393392|gb|EB818627.1|EB818627
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EST: gi|71763591|gb|DR961528.1|DR961528
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EST: gi|211353958|gb|FL082764.1|FL082764
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCC-ACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
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EST: gi|211351553|gb|FL082751.1|FL082751
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EST: gi|76919621|gb|DV167805.1|DV167805
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EST: gi|211356358|gb|FL082780.1|FL082780
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EST: gi|26559094|gb|CA831329.1|CA831329
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EST: gi|31612061|gb|CD568683.1|CD568683
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EST: gi|74235890|gb|DT643804.1|DT643804
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EST: gi|78105937|gb|DV524355.1|DV524355
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EST: gi|101393390|gb|EB818626.1|EB818626
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EST: gi|15427345|gb|BI543167.1|BI543167
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EST: gi|71449328|gb|DR830378.1|DR830378
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
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EST: gi|60396230|gb|DN229099.1|DN229099
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genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|211424548|gb|FL433278.1|FL433278
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTYGGSTYTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|211356345|gb|FL082767.1|FL082767
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|29544621|gb|CB605001.1|CB605001
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTG
EST: gi|211353950|gb|FL082756.1|FL082756
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGGTTTGGTGATAGGGATG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGG-TTTGGTGATAGGGATG
EST: gi|31405660|gb|CD484392.1|CD484392
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCT
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCT
EST: gi|71332585|gb|DR803267.1|DR803267
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|84980045|gb|DW530394.1|DW530394
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|78104589|gb|DV523007.1|DV523007
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTTTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|33467936|gb|CF244985.1|CF244985
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|211461925|gb|FL082802.1|FL082802
EST:     AGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGGCCACCTGG-GACCGGCCCCAG                         GGGCC-TCCTC
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EST: gi|22521236|gb|BU080047.1|BU080047
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGTCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
EST: gi|86470252|gb|DY236622.1|DY236622
EST:     AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAG                         GGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG
genomic: AAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 329

TCCTCAACCTGCCATCAGAGGTTGTGCCTAATACCCTCAAGAAGTCTTCCAAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 142

TCCTCAACCTGCCATCAGAGGTTGTGCCTAATACCCTCAAGAAGTCTTCCAAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 170

TCCTCAACCTGCCATCAGAGGTTGTGCCTAATACCCTCAAGAAGTCTTCCAAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 98

TCCTCAACCTGCCATCAGAGGTTGTGCCTAATACCCTCAAGAAGTCTTCCAAGCCCCCGTCTCGCCCCTTCGGCTCTGGCCCACCTGGTGACCGCCCCAGgtaaatttgt ... tatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cactagaatctcactgtgaatccacggttgcttacatattctgtttatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG
                            tgcttac  putative branch site (score: 98)
                                      ttctgttt  putative PPT
                                   atattctgtttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttctaaattcaatataaacatcatatcacacattcctggttcgccactagaatctcactgtgaatccacggttgcttacatattctgtttatttggcagGGGCCCTCCTCGTTATGAAGGTGACAGGCCTAGGTTTGGTGATAGGGATGGTTACAGAGGAGGTCCACGTGGCGCTCCAGGTGACTTTGGTGGTGATAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - -aacatca
- - - - - - - - - - - - - - -cacattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ctggttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtt