Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgacttatttgttaataattttcttttttactatttataccagtgtaccataattatgtttttgttgattcgttgttaaaaaaactgtttctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G435373_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--tgacttatttgttaataat-tttcttttttactatttataccagtgtaccataattatgtttttgttgattcgttgttaaaaaaactgtttctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
  ||  |  ||| |||  |    | |   | |  |   |  |  ||||||   |  ||   |  || |  |    |   |        | ||| | ||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
gttggatggtttattacaagcgctaccactatggttccttgagtagtgtattgttgttgcatgattatctaaagttctctcttt---ttttttatctcggcagTTTATGATGGCAAATGGGACACTGGTTAGGACCCTCATTCACACTGATGTGACAAAGTATTTGTCATTCAAAGCTGTCGATGGAAGCTATGTCTTCAGCA

upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---tgacttatttgttaataattttcttttttactatttataccagtgtaccataattatgtt-tttgttgattcgttgttaaaaaaactgtttctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
   ||  |  ||| |||  | |      |  ||||||   | |  |  || |||| | |||||  |||||| ||  || |  |||   || ||| | |   |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
gggtggatggtttattacaagtgga---tactactatgactccatgaataacatactgatgttgcttgttgcttgattatctaaagttct-tttgtttgggcagTTTATGATGGCAAATGGCACATTGGTAAGGACCCTGATTCACACTGATGTGACAAAGTATTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTACGTCTTCAGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149050331|gb|EE048608.2|EE048608
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064222|gb|FL094759.1|FL094759
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|31612099|gb|CD568721.1|CD568721
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064219|gb|FL094756.1|FL094756
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211066961|gb|FL094765.1|FL094765
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064226|gb|FL094763.1|FL094763
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211455108|gb|FL094747.1|FL094747
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|30087663|gb|CB885869.1|CB885869
EST:     CAGCTCTTTTATTTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064223|gb|FL094760.1|FL094760
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACAT
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACAT
EST: gi|211064213|gb|FL094750.1|FL094750
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|149098467|gb|EE184446.2|EE184446
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211066964|gb|FL094768.1|FL094768
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGT
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGG-ACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGT
EST: gi|211066963|gb|FL094767.1|FL094767
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|149103159|gb|EE288530.2|EE288530
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCCTCCACACCGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064225|gb|FL094762.1|FL094762
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064221|gb|FL094758.1|FL094758
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAN                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064220|gb|FL094757.1|FL094757
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064224|gb|FL094761.1|FL094761
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064214|gb|FL094751.1|FL094751
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064212|gb|FL094749.1|FL094749
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211066962|gb|FL094766.1|FL094766
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064215|gb|FL094752.1|FL094752
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064216|gb|FL094753.1|FL094753
EST:     CAGCACATCTAGGTGCRAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCMAAG                         TTTATGATGGCNAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211455109|gb|FL094748.1|FL094748
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
EST: gi|211064217|gb|FL094754.1|FL094754
EST:     CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAG                         TTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG
genomic: CAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 703

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 748

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 802

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 517

CTCTGGAAGAGGTTTAGAGGGGAAGACAAGCCCCCAGCACATCTAGGTGCAAGCAGAGACTACAATGTGGACATGGTGCCAAAGgtgcaacagc ... ctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taccataattatgtttttgttgattcgttgttaaaaaaactgtttctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA
                 tgttgat  putative branch site (score: 517)
                                       ctgtttct  putative PPT
     taattatgtttttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgacttatttgttaataattttcttttttactatttataccagtgtaccataattatgtttttgttgattcgttgttaaaaaaactgtttctgtcatcagTTTATGATGGCAAATGGGACATTGGTTCGAACCCTCATCCACACTGATGTGACAAAGTACTTGTCATTCAAAGCTGTTGATGGGAGCTATGTTTTCAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa