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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttttagttgtcttcagatcttactatatcttttaatatcattcttttgctatcatttaacatgtaatggctattcccatgcagCCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G421857_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G421857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g07870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtttgttttagttgtcttcagatcttactatatcttttaatatcatt--cttttgctatcatttaacatgtaatggctattcccatgcagCCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG
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gtgcttttttgtcattt----attaaactg-atctgtcaagcgtacttgtttttgcttgtttttaacacataaaggttatgcctgcacagCCCCTGTCGGTTGAGTTGGGACCTGGTATTCTTGGGAACATTTTTGATGGGATCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18649012|gb|BM497831.1|BM497831
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EST: gi|211529173|gb|FL123439.1|FL123439
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EST: gi|32925234|gb|CF030046.1|CF030046
EST:     AGGAAACAGCTGGACTGATGGTTAATGACCCTGTATTGAGAACAAGAAAG                         CCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGT
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EST: gi|211152792|gb|FL123502.1|FL123502
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EST: gi|211154405|gb|FL123524.1|FL123524
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EST: gi|32848240|gb|CD987921.1|CD987921
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EST: gi|211538186|gb|FL123484.1|FL123484
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EST: gi|211157601|gb|FL123549.1|FL123549
EST:     AGGAAACAGCTGGACTGATGGTTAATGACCCTGTATTGAGAACAAGAAAG                         CCTCTTTCAGTTGAATTGGG-CCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGT
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EST: gi|211532177|gb|FL123451.1|FL123451
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EST: gi|211155997|gb|FL123532.1|FL123532
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EST: gi|32934325|gb|CF039137.1|CF039137
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EST: gi|211532180|gb|FL123454.1|FL123454
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EST: gi|6587652|gb|AW244970.1|AW244970
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EST: gi|211156000|gb|FL123535.1|FL123535
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EST: gi|31355789|gb|CD440146.1|CD440146
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EST: gi|211535168|gb|FL123457.1|FL123457
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EST:     AGGAAACAGCTGGACTGATGGTTAATGACCCTGTATTGAGAACAAGAAAG                         CCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGT
genomic: AGGAAACAGCTGGACTGATGGTTAATGACCCTGTATTGAGAACAAGAAAGgtttgtttta ... tcccatgcagCCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttaatatcattcttttgctatcatttaacatgtaatggctattcccatgcagCCTCTTTCAGTTGAATTGGGACCTGGAATTCTTGGAAACATTTTTGACGGTATCCAG
                         atttaac  putative branch site (score: 3)
                                         ctattccc  putative PPT
     aatatcattctttt  TA-rich tract