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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtggccttccgcccacgttttcagcacttttgattgctctattgccctcatctgaaagtcgtgctcatttggtgccttgatggtgatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G412899_T05
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087261|gb|DV515654.1|DV515654
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|101396771|gb|EB820311.1|EB820311
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|149026990|gb|EE046327.2|EE046327
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|211188618|gb|FL343312.1|FL343312
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71775492|gb|DR973370.1|DR973370
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|148947449|gb|EC892877.2|EC892877
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|211528530|gb|FL329329.1|FL329329
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|148974492|gb|EE025275.2|EE025275
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|74240466|gb|DT648380.1|DT648380
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71321131|gb|DR797264.1|DR797264
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|50326106|gb|CO521232.1|CO521232
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|78112346|gb|DV530740.1|DV530740
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|148935890|gb|EC879938.2|EC879938
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|76015720|gb|DT942890.1|DT942890
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|149104318|gb|EE289761.2|EE289761
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|78109755|gb|DV528171.1|DV528171
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|149015283|gb|EE045085.2|EE045085
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71439810|gb|DR820860.1|DR820860
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|78110187|gb|DV528602.1|DV528602
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71438358|gb|DR819408.1|DR819408
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|149095879|gb|EE181538.2|EE181538
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71774118|gb|DR972000.1|DR972000
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|71764940|gb|DR962877.1|DR962877
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
EST: gi|148966112|gb|EE017056.2|EE017056
EST:     CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGG                         GGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG
genomic: CATGTCTGTGTCGCCACGCTCACCTCGTTCCTCTTTGGATACCACTCCGGgtgcgtggcc ... gatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattgccctcatctgaaagtcgtgctcatttggtgccttgatggtgatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG
                                   ccttgat  putative branch site (score: 5)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgcgtggccttccgcccacgttttcagcacttttgattgctctattgccctcatctgaaagtcgtgctcatttggtgccttgatggtgatgacgcagGGTGGTGAACGAGCCCTTGGAGGTCATCTCCGCTGACCTTGGCTTCGCCGGCAACACTCTTGCTGAAG

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