Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

atgctccctatatctgaaactttgcccccagcccccccctctgttctctgtcaatctctacaactattaacgtcgatctgtattatgtgttatatattgcaagaacatgtgatttttcatatgtgatcgaaagcaatgtcctttgattgcagCCCATAGTGCCACCTTACGGGACACCGTCGCCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTAGAACAGTATATGCCCACCCCTCTACACCTCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G387310_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G387310_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g03580.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
atgctccctatatctgaaactttgcccccagcccccccctctgttctctgtcaatctctacaactattaacgtcgatctgtattatgtgttatatattgcaagaacatgtgatttttcatatgtgatcgaaagcaatgtcc-tttgattgcagCCCATAGTGCCACCTTACGGGACACCGTCGCCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTAGAACAGTATATGCCCACCCCTCTACACCTCAT
                                              |  |  | |    ||  || |      |    | | || |||||||| |||  |      || |  ||||  |  |   ||  |||  | ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||| || |||||||| |||   
----------------------------------------------taggcaactgcaaactgctttccttaacagcatat-ttgtgtgttatttataac-----tattttcttttgtacct-caattcaaaatattgtccctttaatttcagCCCATGGTGCCACCTTACGGGACACC------ACCACCTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCT---


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcaagaacatgtgatttttcatatgtgatcgaaagcaatgtcctttgattgcagCCCATAGTGCCACCTTACGGGACACCGTCGCCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTAGAACAGTATATGCCCACCCCTCTACACCTCAT
                                           ctttgat  putative branch site (score: 5)
                                       tgtccttt  CT-rich tract
              atttttcatat  TA-rich tract