Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctcgcataattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G361693_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g50620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctcgcat--aattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
  |    |||| ||  | |    |    |    | |  |   || | ||||| || ||||    |   |||||||||||           ||| | ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||
tggttgtgcctgctagcagtttgtagcaattcacccttaatgaaatgtttcagttttagta---agtgatggttactaatgtttccccactctttgtatttagGTTCTTGAAATGGATACCTACAGGTACCATGGCCATTCTATGTCAGATCCCGGAAGCACTTACCGTACCAGGGATGAGATCTCAGGTGTAAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---aggcaagccttc-tccctgcaaatgcggagaggctcgcataattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
   |    |||  || |   || |  |  |       |  |||| ||  |||  |  |||   ||   | || || ||  |  | ||  | |   | | || || | ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||  | ||||| ||||| ||||| || |||
tttatcatagctgtcatttgtgtagttttgattgaattatcatagtttattctctgttagatttg---attgatttctcta-tcttattgattattctgtccagATTCTTGAAATGGACACTTACAGATACCATGGACACTCTATGTCTGATCCTGGCAGCACATACCGGACACGTGATGAAATTTCTGGTGTGAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G40380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctc---gcataattatttcatt-tctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
                       | |    |  |   |   |||      ||  |    | || ||| ||| ||| |||  |     | ||| | |      | | |||   | |   | || || | ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||| || |||
gtaagtaaattaacctctcatttgtacttatattttttaagaatttttttagcttttaggaatgattcttttattctctgttatattataattgatttctctatcttaattattt---tgtccagATTCTTGAAATGGACACATACAGATACCATGGCCACTCCATGTCTGATCCTGGCAGCACATACCGTACACGTGATGAGATTTCTGGTGTGAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G04470.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
------aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctcgcataattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
      |   |    |  |   || |  |  |   |   |  || | ||  |||  |  |||   |||    || || ||  |  | ||  | |   | | || || | ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||| ||||| ||  | ||||| ||||| ||||| || |||
attttaacatagctgtcatttgtgtagttttgattaaattatcaaagtttattc--tgttagatttga---ttgatttctcta-tcttattgattattctgtccagATTCTTGAAATGGACACTTACAGATACCATGGACACTCTATGTCTGATCATGGCAGCACATACCGTACACGTGATGAAATTTCTGGTGTGAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G17240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctc---gcataattatttcatt-tctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
                       | |    |  | | |  |  || |   ||  |    | || ||| ||| ||| |||  |     | ||| | |      | | |||   | |   | || || | || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||| || |||
gtaagtaaatttacttcttttttgtacttatatttcttaaatttgtgtttagattttaggaatgattcttttattctctgttatattacaattgatttctctatcttaattattt---tgtccagATTCTCGAGATGGACACATACAGATACCATGGCCACTCCATGTCTGATCCTGGCAGCACATACCGTACACGTGATGAGATTTCTGGTGTAAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G24180.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggc-tcgcataattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggtt-ctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
      |  |||   |    |  |  || |    ||| ||  ||||      |    | |  |   ||  | || || |  | |  |    ||| |    || ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  | ||||| || || || || || |||
--ttgtgaattcaatcacatagcgttgacatttatcgtatttttataatccattctctacctagtgattatgaccaacataccattgccattatttgcgcagATCCTTGAGATGGACACTTACAGATACCACGGTCACTCTATGTCTGACCCAGGAAGCACTTACCGTACTCGTGATGAAATCTCTGGCGTGAGACAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT1G59900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctcgcataattatttcatttctagtgc-tgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
 |   |||   |  |  ||           |   ||   |  ||||| | || |||     || |  |  |   |   ||  | |  |||   | |||  || | ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||| | |||||||| || ||||| ||||||
catataagtagtagctttggtttccaatttattttcctgtgtttatt-ctttcctatcatatggattacagaagcattaatac-atcgtttcttctatacagATTCTTGAGATGGACACATACAGGTACCACGGTCACTCCATGTCTGATCCTGGGAGCACATACCGTACCCGAGATGAGATATCTGGTGTGAGGCAG

upper sequence: GRMZM2G361693_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S201_84V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------aggcaagccttctccctgcaa-atgcggagaggctc-gcat-aattatttcatttctag--tgctgaagaatggttactaaaacc---ctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
                                                              |  | |||| |      || |  |  |||   | | | |||| || |  |     ||||   |  ||| | ||    |     ||   ||      ||  ||||  | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||| || |||||  | |||
gtaagtgatgctgttgttttcctaaccagcacatggatactttaccttcttctaatcatggggtttactccatttgctgtgtgttgcagctttacgtcagttatgtcgtaaccgagatgcttttgcttgggttctttttctgaattatattttctggcatggagGTTTTGGAGATGGATACGTACAGATATCATGGTCACTCTATGTCTGACCCAGGCAGCACCTACCGAACCCGTGATGAGATCTCTGGTGTACGACAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075088|gb|DV503522.1|DV503522
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|76285908|gb|DV025476.1|DV025476
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71430300|gb|DR811350.1|DR811350
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|67014415|gb|CO443164.1|CO443164
EST:     GCA-GCGTGNCAATTTTGCAAA-GATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAAT-                         GTNNCT-GAGANG-ATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGAT
genomic: GCAAGCGTG-CAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTC-CTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGAT
EST: gi|91867561|gb|EB399727.1|EB399727
EST:     CAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: CAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|76925282|gb|DV170361.1|DV170361
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|22819342|gb|BU499432.1|BU499432
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|60348121|gb|DN215094.1|DN215094
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|26558514|gb|CA830749.1|CA830749
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|40336728|gb|CK370798.1|CK370798
EST:     GCTGTCGCTAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|67014771|gb|CO443520.1|CO443520
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGA-CATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|89763316|gb|DY690567.1|DY690567
EST:     GCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|76021451|gb|DT948621.1|DT948621
EST:     GCAAGCGGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCAAGC-GTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|5847216|gb|AW000295.1|AW000295
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|74233521|gb|DT641435.1|DT641435
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|50332698|gb|CO527824.1|CO527824
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71770429|gb|DR968366.1|DR968366
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|37395082|gb|CF634820.1|CF634820
EST:     GCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|50335332|gb|CO530458.1|CO530458
EST:     CAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: CAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71432517|gb|DR813567.1|DR813567
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|22472806|gb|BU037286.1|BU037286
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|5108256|gb|AI739969.1|AI739969
EST:     CAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGC-GTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: CAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71756697|gb|DR954634.1|DR954634
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|17921802|gb|BM259453.1|BM259453
EST:     AGCTAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCTACTCTATGTCAGATCC
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCC-ACTCTATGTCAGATCC
EST: gi|6020670|gb|AW065703.1|AW065703
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|87156670|gb|DY401459.1|DY401459
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|31353100|gb|CD437457.1|CD437457
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|31356997|gb|CD441354.1|CD441354
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|111193578|gb|EE291714.1|EE291714
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|78092533|gb|DV520907.1|DV520907
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|17921476|gb|BM259127.1|BM259127
EST:     AGC-AGCGTGCAAA-TTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAANT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|24768276|gb|CA403405.1|CA403405
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|74235161|gb|DT643075.1|DT643075
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71419909|gb|DR804937.1|DR804937
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|78123323|gb|DV541707.1|DV541707
EST:     AAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71323252|gb|DR798280.1|DR798280
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|5325121|gb|AI783312.1|AI783312
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGC-ACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|71312003|gb|DR792517.1|DR792517
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|33467100|gb|CF244149.1|CF244149
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|149005248|gb|EE039795.2|EE039795
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|22490952|gb|BU050875.1|BU050875
EST:     GCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|76018760|gb|DT945930.1|DT945930
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|50322896|gb|CO518022.1|CO518022
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|78076521|gb|DV504955.1|DV504955
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTTTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|94474454|gb|EB703412.1|EB703412
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|31356163|gb|CD440520.1|CD440520
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 135

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 130

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 150

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 310

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTCGCAAATGGCCCAATTgtaagtacta ... atatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
                         tactaaa  putative branch site (score: 310)
                                         ttctatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aggcaagccttctccctgcaaatgcggagaggctcgcataattatttcatttctagtgctgaagaatggttactaaaaccctaaggttctatatatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGATACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG

- gcaagcc
- - - - - - -ccctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgaa