1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...cttgttctggaattagctgtgtagtgttgataatatgggattaggtttatttatttaactcattatttgttcttccactatatatttctttactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G351417_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|60401041|gb|DN233848.1|DN233848
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|148951718|gb|EC897471.2|EC897471
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|5895978|gb|AW037224.1|AW037224
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|50339179|gb|CO534305.1|CO534305
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTEST: gi|60359357|gb|DN226330.1|DN226330
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATT
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|6194551|gb|AW146655.1|AW146655
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGCGCTATGCTGAGGGAATGEST: gi|60352002|gb|DN218975.1|DN218975
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGEST: gi|149081164|gb|EE170272.2|EE170272
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
EST: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGG GTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
genomic: TCTGAGTACCTAGAGTCAAATAAAGATCTCTTGGACATTTTAATTTTAGGgtaagactac ... tactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATG
tttatttatttaactcattatttgttcttccactatatatttctttactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG
atttaac putative branch site (score: 193)
tttctttact putative PPT
ttatttaactcattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgttctggaattagctgtgtagtgttgataatatgggattaggtttatttatttaactcattatttgttcttccactatatatttctttactgaacagGTATGAGAATATGGACATTGCTTTACATTATGGTGCTATGTTGAGGGAATGTATTCGCCACCAAAGCATTGCAAG
- tgttctg
- - - - - - - agctgtg
- - - - - - - - - - - - tgttgat