1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...ctcacggcgaaggcctggagtgcggctacgagttacgtagtcacggtccggcgatgttgagcgttgaggcgattgacacttacattgtcttttgttgcagATTGAAGCATCTGGTGGTGAGGCTATCACCTTTGGAGGAGATGTTTCAAAAGAAGCTGATGTAGAGTCTATGATGAAAGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G351023_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtccggcgatgttgagcgttgaggcgattgacacttacattgtcttttgttgcagATTGAAGCATCTGGTGGTGAGGCTATCACCTTTGGAGGAGATGTTTCAAAAGAAGCTGATGTAGAGTCTATGATGAAAGCA
cacttac putative branch site (score: 150)
ttgtctttt CT-rich tract
ttacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcacggcgaaggcctggagtgcggctacgagttacgtagtcacggtccggcgatgttgagcgttgaggcgattgacacttacattgtcttttgttgcagATTGAAGCATCTGGTGGTGAGGCTATCACCTTTGGAGGAGATGTTTCAAAAGAAGCTGATGTAGAGTCTATGATGAAAGCA
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - gcctgga
- - - - - - - - - -gtgcggc
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