Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccatgtcactacttactttgacctgtagaagttaagattagcctgctaacccacttcttgctttctcactggaattgtaatacatgcagAAGTTCGATTCTATGAGTCGACATGGTATAAAAAGTGGTAGATTGGGTTTCTTCTGTGACATTGCTCTTGTCCTTATTGATGAAGTTCACCTTCTAAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G346278_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G346278_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g40450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtccatgtcactacttactttgacctgta------gaagttaagattagc----ctgctaacccacttcttgctttctcactggaattgtaatacatgcagAAGTTCGATTCTATGAGTCGACATGGTATAAAAAGTGGTAGATTGGGTTTCTTCTGTGACATTGCTCTTGTCCTTATTGATGAAGTTCACCTTCTAAATG
||  |||| ||| ||| |||||   |  |       ||   | |||| ||    |||||| ||   | |||| ||| | ||    ||  | ||   |||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||| |  |||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || |
gtatatgtgactgcttgctttgctttacacggtgtaaaaagaggattggcacaactgctagccacttccttgttttttaaccaacatctttatgtttgcagAAGTTTGATTCTGTGAGTCGTCATGGAATAAGAGATGGTGGACTGGGTTTCTTCAGTGACATTGCTCTGGTCCTTATTGATGAAGTTCATCTCCTCAACG

upper sequence: GRMZM2G346278_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0066g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--------------gtccatgtcactacttactttgacctgtagaagttaagattagcctgctaacccacttcttgctttctcactggaattgtaatacatgcagAAGTTCGATTCTATGAGTCGACATGGTATAAAAAGTGGTAGATTGGGTTTCTTCTGTGACATTGCTCTTGTCCTTATTGATGAAGTTCACCTTCTAAATG
              || ||      |  |   ||| |   ||  |||||   || |  ||| |    ||   ||   |   |   |     | |  |   |  ||||||| ||| |  |||  ||  || | ||||||  |||  | ||| |||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||
tttcaatcaacagagtgcactctcatgttcttttttagtggtttaagttttaatcatactgttggagcatggctaaatacattctt-----tttcctttctatagAAGTTTGATGCAGTGACCCGGTATCGCATAAAAGATGGAGGCTTGAGTTTTTTCAGTGACATAGCTCTTGTGCTTATTGATGAAGTTCACCTATTGAATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agattagcctgctaacccacttcttgctttctcactggaattgtaatacatgcagAAGTTCGATTCTATGAGTCGACATGGTATAAAAAGTGGTAGATTGGGTTTCTTCTGTGACATTGCTCTTGTCCTTATTGATGAAGTTCACCTTCTAAATG
                                      aattgtaata  TA-rich tract