1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttacattttgtttgttaatgtccttcacaaattgttgtctatcttgcaatgaagattttggttcagtttgtgatgctatatgcacttttgcgctctgcagGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGATGAACTGCTGAAGCTTAATGGTAATGGTTTGGATTCAAAGGAGGGTATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G327635_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCAGAAACTTTACACCAGATGTGCCGGCTGGAATAACTGCTCGGCCAAG GCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGAEST: gi|87153575|gb|DY398364.1|DY398364
genomic: CTCAGAAACTTTACACCAGATGTGCCGGCTGGAATAACTGCTCGGCCAAGgtaagtgctt ... cgctctgcagGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGA
EST: CTCAGAAACTTTACACCAGATGTGCCGGCTGGAATAACTGCTCGGCCAAG GCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGA
genomic: CTCAGAAACTTTACACCAGATGTGCCGGCTGGAATAACTGCTCGGCCAAGgtaagtgctt ... cgctctgcagGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGA
gcaatgaagattttggttcagtttgtgatgctatatgcacttttgcgctctgcagGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGATGAACTGCTGAAGCTTAATGGTAATGGTTTGGATTCAAAGGAGGGTATG
cttttgc CT-rich tract
aagatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttacattttgtttgttaatgtccttcacaaattgttgtctatcttgcaatgaagattttggttcagtttgtgatgctatatgcacttttgcgctctgcagGCAGGAAGATGCTCAAGAGTTTTTAAGTTTTGCCATGGATAGAGTGCATGATGAACTGCTGAAGCTTAATGGTAATGGTTTGGATTCAAAGGAGGGTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
-tacattt
- - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - cttcaca
- - - - - - - - - - - - - - - -ttgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct