1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tagactaaatttaagcttaagatagagataaaatacgagtcatggacttgttttcaattgtttccaaaggtctaatgttttccgtttgcccttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTTCTCGAAGAGGGGCATGAAGGGGAAGTCCGTCAGTGGCATGAATTACTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G180720_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|67042737|gb|CO468992.1|CO468992
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|60396004|gb|DN228874.1|DN228874
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: CTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|60345607|gb|DN212580.1|DN212580
genomic: CTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: GGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|71440959|gb|DR822009.1|DR822009
genomic: GGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: AGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211127527|gb|FL066343.1|FL066343
genomic: AGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211127528|gb|FL066344.1|FL066344
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211029602|gb|FL384590.1|FL384590
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|33771219|gb|CF273398.1|CF273398
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGNGCTCTAGCTGCTGNCACAGAGCTGAACTTTAATATGGNTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211128448|gb|FL066345.1|FL066345
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|67042492|gb|CO468747.1|CO468747
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|67040435|gb|CO466690.1|CO466690
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTEST: gi|211039688|gb|FL176199.1|FL176199
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
EST: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTG GATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
genomic: TGGTGGTTGTGCTCTAGCTGCTGTCACAGAGCTGAACTTTAATATGGTTGgtaagtaaaa ... cttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCT
acttgttttcaattgtttccaaaggtctaatgttttccgtttgcccttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTTCTCGAAGAGGGGCATGAAGGGGAAGTCCGTCAGTGGCATGAATTACTA
gtctaat putative branch site (score: 3)
ttttccgtttgccctt CT-rich tract
ttttcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagactaaatttaagcttaagatagagataaaatacgagtcatggacttgttttcaattgtttccaaaggtctaatgttttccgtttgcccttccaccagGATTTATGGGTGCCATGATATCCAACCTTGCATTTGTTTTCCGCAACATCTTCTCGAAGAGGGGCATGAAGGGGAAGTCCGTCAGTGGCATGAATTACTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG