1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatggctctgtcccaatggttgctgattcagttgctatgctcaagtgttgactgttgtcaaatgtgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTGAGGCAGATCTTCAATGGTGTCTTTCTCAAGGTTAACAAGGCAACTATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G178807_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211404340|gb|FL336248.1|FL336248
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211294075|gb|FL367899.1|FL367899
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCTCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211058447|gb|FL334673.1|FL334673
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211270703|gb|FL364931.1|FL364931
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211309962|gb|FL324309.1|FL324309
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211465211|gb|FL336838.1|FL336838
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211049337|gb|FL322306.1|FL322306
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211149765|gb|FL359577.1|FL359577
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211320069|gb|FL327290.1|FL327290
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211331074|gb|FL338521.1|FL338521
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTNTEST: gi|211116311|gb|FL310194.1|FL310194
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211036159|gb|FL345800.1|FL345800
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|21809687|gb|BQ668005.1|BQ668005
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211375660|gb|FL343002.1|FL343002
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|50328295|gb|CO523421.1|CO523421
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211438494|gb|FL357614.1|FL357614
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211231342|gb|FL356545.1|FL356545
genomic: TCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGC-TTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGACGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211183807|gb|FL343285.1|FL343285
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211098730|gb|FL335597.1|FL335597
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCCGCAAGATCTTGCAGEST: gi|211388669|gb|FL330062.1|FL330062
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCC-GCAAGATCTTGCAG
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAEST: gi|211052187|gb|FL320177.1|FL320177
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCA
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|71307122|gb|DR789735.1|DR789735
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211193013|gb|FL326452.1|FL326452
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211103246|gb|FL316732.1|FL316732
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211519509|gb|FL329285.1|FL329285
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|91872514|gb|EB402471.1|EB402471
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTTCCTGCGTTEST: gi|211514465|gb|FL316121.1|FL316121
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCT-CCTGCGTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211101316|gb|FL340531.1|FL340531
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAAGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCAEST: gi|211433379|gb|FL361081.1|FL361081
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCA
EST: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTEST: gi|211302645|gb|FL367969.1|FL367969
genomic: TTCTATGTGAGCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTT
EST: TCTATGTGAGCCCCAGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGG TATCAATGCCATGCAC
genomic: TCTATGTGAGCCC-AGAGGCCAAGCTTCTGTTTGTGGTCCGCATCCGTGGgtatggctct ... tgctgtgtagTATCAATGCCATGCAC
ttgctgattcagttgctatgctcaagtgttgactgttgtcaaatgtgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTGAGGCAGATCTTCAATGGTGTCTTTCTCAAGGTTAACAAGGCAACTATT
tgttgac putative branch site (score: 145)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatggctctgtcccaatggttgctgattcagttgctatgctcaagtgttgactgttgtcaaatgtgctgtgtagTATCAATGCCATGCACCCCAAGACCCGCAAGATCTTGCAGCTCCTGCGTTTGAGGCAGATCTTCAATGGTGTCTTTCTCAAGGTTAACAAGGCAACTATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT