Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caatagccccacattaaaccttgcacatgtgctcaaggggccacgattagaagaaagtggttgctatcctagttgactgggattctcatttgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTCAGACATGATCAATTGGAGGAAGGAATTCGGAGTCGACAAAATAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174990_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174990_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g46720.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
caatagccccacattaaaccttgca-catgtgctcaaggggccacgattagaagaaagtggttg-ctatcctagttgactgggattctcatttgcattgc----agGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTCAGACATGATCAATTGGAGGAAGGAATTCGGAGTCGACAAAATAGAG
    ||     || |       ||| ||  |  | ||| ||| ||  |  ||||||| || ||| ||   |  ||  | |     | | || | | |  |    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||| |||||||| || |  ||||| ||||||
----agagtggcaatctttggagcagcaaatcattaagaggctaccct--gaagaaaatgattggctggtcgtgtgaaattttcattttatctccttcacatatagGTTCCTCAAAGCACGGAAATTTGATGTTGAGAAAGCAAAGAGTATGTGGTCAGATATGCTTAAATGGAGAAAGGAATTTGGGGCTGACAATATAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101402477|gb|EB822801.1|EB822801
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211480226|gb|FK977831.1|FK977831
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|60338296|gb|DN205269.1|DN205269
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211483110|gb|FK977837.1|FK977837
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|31997893|gb|CD661823.1|CD661823
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211480225|gb|FK977830.1|FK977830
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGCC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|149084713|gb|EE174205.2|EE174205
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211483108|gb|FK977835.1|FK977835
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|71426247|gb|DR807297.1|DR807297
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211480223|gb|FK977828.1|FK977828
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|28931255|gb|CB334616.1|CB334616
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211480220|gb|FK977825.1|FK977825
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|60351666|gb|DN218639.1|DN218639
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211483114|gb|FK977841.1|FK977841
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211483115|gb|FK977842.1|FK977842
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|101386148|gb|EB815117.1|EB815117
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|31611997|gb|CD568619.1|CD568619
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211480224|gb|FK977829.1|FK977829
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|211483113|gb|FK977840.1|FK977840
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTC
EST: gi|101402741|gb|EB822898.1|EB822898
EST:     GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAG                         GTTCCTAAAAGCACGGAATTTTGAAGTTGAGAA
genomic: GATGAGGATTTGCTGCCACCACAGCACGATGATTATCACATGATGTTAAGgtacaacgct ... tgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attagaagaaagtggttgctatcctagttgactgggattctcatttgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTCAGACATGATCAATTGGAGGAAGGAATTCGGAGTCGACAAAATAGAG
                         agttgac  putative branch site (score: 4)
                                     ttctcattt  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caatagccccacattaaaccttgcacatgtgctcaaggggccacgattagaagaaagtggttgctatcctagttgactgggattctcatttgcattgcagGTTCCTAAAAGCACGGAAATTTGAAGTTGAGAAAGCTAAGAGTATGTGGTCAGACATGATCAATTGGAGGAAGGAATTCGGAGTCGACAAAATAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA