Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtttccatgccatcaattgttattgtggaatcttccataatggtgtatttcttaactcgtttgcttctttgcatgaaactgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTGAAATGTGATTTGACAGACAATCTGACGTTGAAAGTAAATGCACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174696_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174696_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g20750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtttgtttccatgccatcaattgttattgtggaatcttccataatggtgtatttcttaactcgtttgcttctttgcatgaaactgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTGAAATGTGATTTGACAGACAATCTGACGTTGAAAGTAAATGCACAG
|||||| |  |||  ||  | | ||||    |||| ||    | | ||||||||  ||||| ||     | ||   ||| || ||  |  ||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||  ||||| |||||||||||
gtttgtctgtatggaattgaatattat----gaattttttgca-tagtgtattttgtaacttgtga---ttttgaaatggaattgtctacagTTAATTCTTGTAGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGACTGAATGCTCGTGTGAAATGTGATCTGACAGATGATCTTACTCTGAAAATAAATGCACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31353843|gb|CD438200.1|CD438200
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|51593036|gb|CV072182.1|CV072182
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGACTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|148944949|gb|EC890114.2|EC890114
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|71428447|gb|DR809497.1|DR809497
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|76294141|gb|DV033709.1|DV033709
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|211089744|gb|FL262762.1|FL262762
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|148937183|gb|EC881364.2|EC881364
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|5268993|gb|AI770957.1|AI770957
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|149090165|gb|EE179465.2|EE179465
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
EST: gi|89762284|gb|DY689955.1|DY689955
EST:     AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAG                         TTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG
genomic: AAGTTCCAACTGCACATTATGAATTTGGCGCCAATTTTTTAGATCCAAAGgtttgtttcc ... ctgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccataatggtgtatttcttaactcgtttgcttctttgcatgaaactgcatgtagTTAATGCTCATTGGAAGGGTGATGACAGATGGAAGGCTTAATGCTCGTGTGAAATGTGATTTGACAGACAATCTGACGTTGAAAGTAAATGCACAG
                tcttaac  putative branch site (score: 2)
            tatttcttaa  TA-rich tract