Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattcttattctgtactgagtcccatacataaaataacttctctctatatttaatgtgatgattcatgctaatgtttttacctgttcctgctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174644_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174644_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g16690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
tattcttattctgtactgagtcccatacataaaataacttctctctatatttaa-tgtgatgattca--tgctaatgtttttacctgttcctgctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT
      || | ||  | |    || |   |  |   | | ||||   | || || | | |  | ||   |||||||| | ||| |||    | |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||||  ||||| |
--gctataatttggccagtcatccttttgtgcatcca-tactcttcctgttaaagtcttaatactcgattgctaatgatgttagctgcatgttctgaatgcagTTGATGGAATACTGTGAACTTTTAGACAAAGCAGATGAATGCGAAGACCCGTACATGCGTATGGCATATGCCT

upper sequence: GRMZM2G174644_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g04930.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
tattcttattctgtactgagtcccatacataaaataacttctctctatatttaatgtgatgattcatgctaatgtttttacctgttcctgctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT
      | | |  | ||   |   |||  |   ||   || |||   ||  |  | |   |  |  | | ||||||   |  |||   ||||     ||||| ||||||||||   |  ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |  |||| |||||||
---gtatgtgccat-ctagtttgtataagtttgatg-tttatcttggtagattgtctctagcctgtttcaaatgttgcaaattgtgaatgcttgtgacagTTAATGGAATACTCCCACCTGTTAGATAAAGCAGATGAATGCGAGGATCCTTACATGCGATTGGTGTATGCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22491096|gb|BU051019.1|BU051019
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|19351392|gb|BM895924.1|BM895924
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|13150716|gb|BG321038.1|BG321038
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|74244334|gb|DT652248.1|DT652248
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|211271998|gb|FK970181.1|FK970181
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|50328677|gb|CO523803.1|CO523803
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|148954837|gb|EC900310.2|EC900310
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|149078287|gb|EE167049.2|EE167049
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|71326510|gb|DR799932.1|DR799932
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|94475418|gb|EB704376.1|EB704376
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|148995971|gb|EE035219.2|EE035219
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|20507134|gb|BQ279500.1|BQ279500
EST:     TTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|28909493|gb|CB331845.1|CB331845
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATG-AATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|76011657|gb|DT938827.1|DT938827
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|148940242|gb|EC885014.2|EC885014
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|78116426|gb|DV534813.1|DV534813
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|71326507|gb|DR799931.1|DR799931
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
EST: gi|149084040|gb|EE173435.2|EE173435
EST:     TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAG                         TTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA
genomic: TTCCAGTCATAATTTTTGAGCCAATGACAATGCTTCAGAAAATGGCCGAGgtttgtactt ... ctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatttaatgtgatgattcatgctaatgtttttacctgttcctgctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT
                     tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                       ttcctgct  putative PPT
                        taatgttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tattcttattctgtactgagtcccatacataaaataacttctctctatatttaatgtgatgattcatgctaatgtttttacctgttcctgctgagtgcagTTGATGGAATACTGTGAATTGTTAGACAAAGCAGATGAATGTGAGGATCCATACATGTGTATGGTTTATGCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT