Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtagatatctaacttcagtttttttttaattatttgtggtttgatttgatgtcaagtttctatcatatgccaaatgttgatattcttataaaagatttttacagactctgttgcataatctttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTACTTATTTGCAAAGACGCCAATGCTAAGTTTAATTTTGGAGATAAAGGTTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G169095_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G169095_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os06g45360.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
gtcagtagatatc------taacttcagttttttttta----attatttgtggtttgatttgatgtcaagtttctat-catatgccaaatgttgatattcttata--aaagatttttacagactctg--ttgcataatctttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTACTTATTTGCAAAGACGCCAATGCTAAGTTTAATTTTGGAGATAAAGGTTA
||||||| |||||      ||||  |  ||| |||| |    | |||     |||| || |||    |  ||   || | ||   | |   | |    ||||     || |||   |  | | |     ||||| |||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||| || ||    ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||
gtcagtaaatatcctaaattaaccactatttattttaataggactatcaacagtttaatgtgaaactactttgtaattcttacttcgatgatagtccctcttgctgcaatgatcgatgtaaagttcaacttgcacaatcttttcttgcagAACCTGGTTACTATGAAGACGGAAGCTTTGGTATAAGGTTGGAGAATGTTCTGATAGTTAAAGAAGCCAATACTAAATTTAATTTTGGAGATAAGGGTTA

upper sequence: GRMZM2G169095_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os11g33330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtcagtagatatctaacttcagtttttttttaattatttgtggtttgatttgatgtcaagtttctatcatatgccaaatgttgatattcttataaaagatttttacagactctg--ttgcataatctttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTACTTATTTGCAAAGACGCCAATGCTAAGTTTAATTTTGGAGATAAAGGTTA
                  ||||| |||  | |   |      ||||| | |  |   | |  |   |  |         ||   | ||  |  ||  |||   |  | | |     ||||| |||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||    ||||| || ||| |||| | |||||| |||||||| |||||
-----------------gtcagtatttcctaaccgaaccactgtttgttatagtaggacgagttggtacttcaatggtagtccgtcttgctgcaat-gatcgatgtaaagttcaaattgcacaatcttttcttgcagAACCTGGTTACTATGAAGATGGAAGCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTTCTGATAGTTAAAGAGGCTAATACTAAATATAATTTCGGAGATAAGGGTTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60395851|gb|DN228721.1|DN228721
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|148948655|gb|EC898569.2|EC898569
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|71760087|gb|DR958024.1|DR958024
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089692|gb|FL030411.1|FL030411
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211092150|gb|FL030416.1|FL030416
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|67010801|gb|CO439550.1|CO439550
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089693|gb|FL030412.1|FL030412
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTTCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGTCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|86467956|gb|DY234326.1|DY234326
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089696|gb|FL030415.1|FL030415
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089695|gb|FL030414.1|FL030414
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089690|gb|FL030409.1|FL030409
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|211089694|gb|FL030413.1|FL030413
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
EST: gi|71439289|gb|DR820339.1|DR820339
EST:     ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATG                         AGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC
genomic: ACCTTCTGCTCGAAATGTACCGCTGCAAGCATCAATGACTGTGACAGATGgtcagtagat ... ttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatattcttataaaagatttttacagactctgttgcataatctttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTACTTATTTGCAAAGACGCCAATGCTAAGTTTAATTTTGGAGATAAAGGTTA
 tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                          tctttctttgt  putative PPT
     attcttataaaagatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagtagatatctaacttcagtttttttttaattatttgtggtttgatttgatgtcaagtttctatcatatgccaaatgttgatattcttataaaagatttttacagactctgttgcataatctttctttgtagAGCCTGGTTATTATGAAGATGGGGCCTTTGGTATAAGATTGGAGAATGTACTTATTTGCAAAGACGCCAATGCTAAGTTTAATTTTGGAGATAAAGGTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT