1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...ctgccccttttttaaattgctttggtgtttgagtattcttttcatgttctgtggaatcactactgtcctggctaatctgtagaatgtgttgtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTGATTCTGCTCAAAGATATGAGAACTCATTTTCAAAGAGGCACCAGACTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G169095_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|20299991|gb|BQ162934.1|BQ162934
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|211311977|gb|FK981217.1|FK981217
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGNGCATCTCTGTTEST: gi|211311973|gb|FK981213.1|FK981213
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGEST: gi|32838356|gb|CD978034.1|CD978034
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTG
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|18384953|gb|BM418152.1|BM418152
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|22489137|gb|BU049060.1|BU049060
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|21987275|gb|BQ778803.1|BQ778803
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|32838378|gb|CD978056.1|CD978056
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|87298752|gb|DY470755.1|DY470755
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|32939599|gb|CF044418.1|CF044418
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|211311972|gb|FK981212.1|FK981212
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCAEST: gi|78113783|gb|DV532172.1|DV532172
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCA
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|211311975|gb|FK981215.1|FK981215
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|149085325|gb|EE174831.2|EE174831
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTEST: gi|211311974|gb|FK981214.1|FK981214
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
EST: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGAT AATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
genomic: AACTTATGCGCATGGGAGAAGATCCACCAGTTGAAGCATGGATTGCTGATgtaagtggtg ... gtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTT
gttctgtggaatcactactgtcctggctaatctgtagaatgtgttgtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTGATTCTGCTCAAAGATATGAGAACTCATTTTCAAAGAGGCACCAGACTT
ggctaat putative branch site (score: 435)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgccccttttttaaattgctttggtgtttgagtattcttttcatgttctgtggaatcactactgtcctggctaatctgtagaatgtgttgtgctatcagAATCTGGCTGATGAAGCTGTCATTGGAATCAATCCATGGTGCATCTCTGTTGATTCTGCTCAAAGATATGAGAACTCATTTTCAAAGAGGCACCAGACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
ctgcccc
- - - - - - - - -tgctttg
- - - - - - - - - - - - gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgtg