1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtatgtgaattaacatcttcagatctgtttgggtacaatagtgctatcagagcaaatgttgaatttttttatggctcattaacacatgtctttttatgcttctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAAATATTTTGTCCGAAGTGTGGTAATGGTGGGACCTTACGGAAGGTTTCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G160996_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAG GTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAEST: gi|211260639|gb|FL352273.1|FL352273
genomic: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAGgtatgtgaat ... tctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAA
EST: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAG GTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAEST: gi|60355783|gb|DN222756.1|DN222756
genomic: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAGgtatgtgaat ... tctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAA
EST: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAG GTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAEST: gi|60394073|gb|DN226943.1|DN226943
genomic: GGTCTCCGTCTCATAGCACCAGGTGGCATGCAGATACGCCAGATGCATAGgtatgtgaat ... tctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAA
EST: GCCAGATGCATAG GTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAA
genomic: GCCAGATGCATAGgtatgtgaat ... tctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAA
atgttgaatttttttatggctcattaacacatgtctttttatgcttctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAAATATTTTGTCCGAAGTGTGGTAATGGTGGGACCTTACGGAAGGTTTCG
cattaac putative branch site (score: 2)
tctttttatgcttct putative PPT
aatttttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgaattaacatcttcagatctgtttgggtacaatagtgctatcagagcaaatgttgaatttttttatggctcattaacacatgtctttttatgcttctgtgacagGTGGGTTTTGAGGTGCCATGCTTGCTATAAGGTGACCCAAGAGGTTGGCAAAATATTTTGTCCGAAGTGTGGTAATGGTGGGACCTTACGGAAGGTTTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG