Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaactgcaaaaccagttttacaaatcgctgctgtctgctttgtgtgtgagatttgatacttcatgctcacatattgttgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGTGGGTGTTGGTGCTCGAAGGATTCCTGGGTACTACAACAAATTGCTTGATGACAGGACTGAGACATTGGATGAAAAGGATCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G154883_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G154883_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g17540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgcaactgcaaaaccagttttacaaatcgctgctgtctgctttgtgtgtgagatttgatacttcatgctcacatattgttgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGTGGGTGTTGGTGCTCGAAGGATTCCTGGGTACTACAACAAATTGCTTGATGACAGGACTGAGACATTGGATGAAAAGGATCTTG
||||||||| ||    | || |    |  | |  | | | |||    |   |||| | |||| | |  ||||||||| ||||| ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| || |||||  | ||||||  ||||||||||||| | | ||
gtgcaactgtaaccagaattatctgtactgtttttatatcctt---ataatagatat-atacct-acactcacatatggttgattttattgcagATGTGGCAAGCATTTGTGGGTGTTGGTGCTCGTAAAATTACTGGGTACTACAACAAATTACTAGATGAAGGTACTGAGGAATTGGATGAAAAGAACCCTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctttgtgtgtgagatttgatacttcatgctcacatattgttgacttccctgcagATATGGCAAGCATTTGTGGGTGTTGGTGCTCGAAGGATTCCTGGGTACTACAACAAATTGCTTGATGACAGGACTGAGACATTGGATGAAAAGGATCTTG
                                            cttccctgc  CT-rich tract
              atttgata  TA-rich tract