1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatgtactttattgctgctacaagatgcttgtttcttaagcacaattggatgaagcataatttactgcattttaattgacaaaaatgaataatgagctggaagtataacagttacatcttttctgcacttctgttgtggacacaaaaactgttagttaatagcatgaatccgtgttatggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAAAATGCTGTCTTGCAGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G153704_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211063244|gb|FL401231.1|FL401231
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCCAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211360698|gb|FL393782.1|FL393782
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211244572|gb|FL131421.1|FL131421
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCCAARGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|148996907|gb|EE035711.2|EE035711
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211066519|gb|FL419923.1|FL419923
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTAATTCTGTTTGGT-ACCATCCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCCAAGGNATCTTGGGATTGCTEST: gi|31355588|gb|CD439945.1|CD439945
genomic: TGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTA-TTCTGTTTGGTTACCATC-TTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGG-ATCTTGGGATTGCT
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|31355374|gb|CD439731.1|CD439731
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211153701|gb|FL418638.1|FL418638
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTTGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211327531|gb|FL370114.1|FL370114
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGTGATTGCTGAEST: gi|148977355|gb|EE026050.2|EE026050
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211369268|gb|FL413710.1|FL413710
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTAATTCTGTTTGGT-ACCCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGA-TATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGEST: gi|211416246|gb|FL417246.1|FL417246
genomic: TGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTA-TTCTGTTTGGTTACC-ATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTG
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211157837|gb|FL370475.1|FL370475
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|148971787|gb|EE022525.2|EE022525
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|78075828|gb|DV504262.1|DV504262
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211210064|gb|FL412311.1|FL412311
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211485157|gb|FL401977.1|FL401977
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGEST: gi|31354767|gb|CD439124.1|CD439124
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCG
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|148981335|gb|EE027589.2|EE027589
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|149055222|gb|EE156147.2|EE156147
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211465272|gb|FL339432.1|FL339432
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211441205|gb|FL381373.1|FL381373
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACEST: gi|149083192|gb|EE172463.2|EE172463
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCAC
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211482782|gb|FL423805.1|FL423805
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGNGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGNNGAT-GCTEST: gi|211244570|gb|FL131419.1|FL131419
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGG--GATTGCT
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTEST: gi|211349168|gb|FL426325.1|FL426325
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACT
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|31355150|gb|CD439507.1|CD439507
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|149082633|gb|EE171834.2|EE171834
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|148953947|gb|EC899333.2|EC899333
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAEST: gi|211471554|gb|FL402494.1|FL402494
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCCAAGGATCTTGGEST: gi|211266596|gb|FL404017.1|FL404017
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGG
EST: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGG TGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGTGATTGCTGA
genomic: TATGTTGGCGTTGCTTGTTTGGGGGCTATTCTGTTTGGTTACCATCTTGGgtatgtactt ... tggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGA
gttgtggacacaaaaactgttagttaatagcatgaatccgtgttatggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAAAATGCTGTCTTGCAGG
agttaat putative branch site (score: 4)
ttagttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtactttattgctgctacaagatgcttgtttcttaagcacaattggatgaagcataatttactgcattttaattgacaaaaatgaataatgagctggaagtataacagttacatcttttctgcacttctgttgtggacacaaaaactgttagttaatagcatgaatccgtgttatggaatgtagTGTGGTCAATGGCGCACTTGAATATCTCGCGAAGGATCTTGGGATTGCTGAAAATGCTGTCTTGCAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG