Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatttggtagttgtattatatatttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G152827_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g52860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-aatttggtagttgtattatatatttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT
     ||| |    |    | | | ||| | |||| |  |   ||| ||  | |||| ||||    |  |  || |||| |    | |     || | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||
tggcatggcaccaatga-gtttttgtttgtttatttttatgagagctatgctgtcatgttatttcttctatgcatccattgaatatttccatcgtgtccagATACTATGATGAAGTTTGCCTCCTTTGAGACCATTGTTGAAATGATCTACAAGCACGCTGTTCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGTCTTTCCAATT

upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G05460.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aatttggtagttgtattatatat-ttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtat-gcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT
  ||||     ||| | || |   | ||||   ||    |  ||    |  |   |  | ||||  ||| ||     | |       | |  | | | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  | ||    || |||  |||||||| |||       ||  |
-gtttgaggtctgtttcatttgcatcttataacttgatatataaaaggtcctgatacctgataatatgacct-gtataacataaaaatgttctttcttgcagACACAATGATGAAGTTTGCTTCGTTTGAGACCATTGTTGAGCTGATCTATAAGCACGCCATCCCAACACCAAAGAATGAGTGCACCAAAGGCCTGCAACT

upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G05450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
aatttggtagttgtattatatat-ttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtat-gcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT
  ||||     ||| | || |   | ||||   ||    |  ||    |  |   |  | ||||  ||| ||     | |       | |  | | | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||  | ||    || |||  |||||||| |||       ||  |
-gtttgaggtctgtttcatttgcatcttataacttgatatataaaaggtcctgatacctgataatatgacct-gtataacataaaaatgttctttcttgcagACACAATGATGAAGTTTGCTTCGTTTGAGACCATTGTAGAGCTGATCTATAAGCACGCCATCCCAACACCAAAGAATGAGTGCACCAAAGGCCTGCAACT

upper sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G27380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aatttggtagttgtattatatat-ttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtat-gcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT
  ||||    |||| | || ||  | ||||   ||    |  ||    |  |   |  | ||||    |||        |       | |  | | | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  | ||    || |||  |||||||| ||| |     ||  |
-gtttgagctttgtttcatttacatcttataacttgatatataaaaggtcctggtacctgataa-taaaacctgtatgacataaaaatgttctttcttgcagACACAATGATGAAGTTTGCTTCTTTTGAGACCATTGTTGAGCTGATCTATAAGCATGCCATCCCAACACCAAAGAATGAGTGCACCAAAAGCCTGCAACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149083065|gb|EE172322.2|EE172322
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148940034|gb|EC884775.2|EC884775
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAG
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAG
EST: gi|149078083|gb|EE166829.2|EE166829
EST:     GCTCTANCA-GGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTANC
genomic: GCTCTA-CAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTA-C
EST: gi|32809184|gb|CD961418.1|CD961418
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32807870|gb|CD960104.1|CD960104
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|149100650|gb|EE186738.2|EE186738
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148987197|gb|EE031029.2|EE031029
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTG
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTG
EST: gi|148961139|gb|EE011847.2|EE011847
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCCTT                         ATAC-ATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTAC
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCC-TTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTAC
EST: gi|32849572|gb|CD989253.1|CD989253
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148941369|gb|EC886279.2|EC886279
EST:     GCTCTACAAGGGGATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32848897|gb|CD988578.1|CD988578
EST:     GCTCTCCAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32849561|gb|CD989242.1|CD989242
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|9028627|gb|BE238667.1|BE238667
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|20301369|gb|BQ164312.1|BQ164312
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|149098907|gb|EE184920.2|EE184920
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|67018623|gb|CO447372.1|CO447372
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148940816|gb|EC885643.2|EC885643
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|26456075|gb|CA827658.1|CA827658
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32807573|gb|CD959807.1|CD959807
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32849444|gb|CD989125.1|CD989125
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|31355004|gb|CD439361.1|CD439361
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32927274|gb|CF032086.1|CF032086
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|149099246|gb|EE185278.2|EE185278
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148960994|gb|EE011693.2|EE011693
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|33102415|gb|CF062375.1|CF062375
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148934148|gb|EC878167.2|EC878167
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAA
EST: gi|211458338|gb|FL363660.1|FL363660
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|5928934|gb|AW056226.1|AW056226
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|31355577|gb|CD439934.1|CD439934
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|71433232|gb|DR814282.1|DR814282
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32806716|gb|CD958950.1|CD958950
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|149100649|gb|EE186737.2|EE186737
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTTTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|116817564|gb|EC860439.1|EC860439
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|166613882|gb|EG150537.1|EG150537
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATC
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATC
EST: gi|32806398|gb|CD958632.1|CD958632
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCACCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32807848|gb|CD960082.1|CD960082
EST:     GCTCTACATGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|148967944|gb|EE019256.2|EE019256
EST:     GCTCTACCAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTTCCTTTG
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTT-CCTTTG
EST: gi|149049813|gb|EE048499.2|EE048499
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTTCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|110965377|gb|EE185277.1|EE185277
EST:     AGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: AGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32807994|gb|CD960228.1|CD960228
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32826337|gb|CD966015.1|CD966015
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTTCA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|31358410|gb|CD442767.1|CD442767
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32849863|gb|CD989544.1|CD989544
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32927695|gb|CF032507.1|CF032507
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|149083626|gb|EE172969.2|EE172969
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTT
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTT
EST: gi|31355379|gb|CD439736.1|CD439736
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTG
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTG
EST: gi|87156328|gb|DY401117.1|DY401117
EST:     GCTCTACAAAGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCC
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCC
EST: gi|67021830|gb|CO450579.1|CO450579
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32945563|gb|CF050382.1|CF050382
EST:     TTTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
EST: gi|32806802|gb|CD959036.1|CD959036
EST:     GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTT                         ATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA
genomic: GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 592

GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 817

GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT


Block sizes: 48 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 689

GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 726

GCTCTACAAGGGAATTGTTCCTCTCTGGGGTCGTCAGATTCCTTgtaagtatat ... atgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT
                      aactcac  putative branch site (score: 726)
       tcatattataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aatttggtagttgtattatatatttttatctattctcgttcaagccatattctcatattataagctgaactcacccatcgcccttgtatgatgtatgcagATACCATGATGAAGTTTGCTTCCTTTGAGACCATCGTTGAGCTTATCTACAAGCATGCTGTGCCTGTTCCGAAGTCTGAGTGCAGCAAGACTACCCAGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgaac