1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ttagaggccctttcacagatatcttcagtcttgactcttgtcaaatgtatctttggtggtcaatgattgtttttcacgttgccattgaatcaatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATGTGAAGTTATTGACGGTGGTGAATTGAAATCTAGGCGCCATCTGAATGT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G152686_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATEST: gi|148957677|gb|EC903791.2|EC903791
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCEST: gi|148934386|gb|EC878416.2|EC878416
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTC
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCCTGTAAATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACEST: gi|5296084|gb|AI782959.1|AI782959
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAAC
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATEST: gi|71426208|gb|DR807258.1|DR807258
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATEST: gi|67041095|gb|CO467350.1|CO467350
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGGTCAA-TCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAEST: gi|211141481|gb|FL154590.1|FL154590
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGG-TCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAA
EST: TGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATEST: gi|67025561|gb|CO454310.1|CO454310
genomic: TGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
EST: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATG GAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
genomic: TGACGACTTTGTTAATGATGTTGAAGTGGGCGACATGCTCCTTGTAGATGgtatgctgat ... caatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAAT
tgtatctttggtggtcaatgattgtttttcacgttgccattgaatcaatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATGTGAAGTTATTGACGGTGGTGAATTGAAATCTAGGCGCCATCTGAATGT
ttttt CT-rich tract
attgaatcaattttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagaggccctttcacagatatcttcagtcttgactcttgtcaaatgtatctttggtggtcaatgattgtttttcacgttgccattgaatcaatttttagGAGGAATGATGTCATTCTTGGTCAAATCAAAAACTGAAGATTCTGTGAAATGTGAAGTTATTGACGGTGGTGAATTGAAATCTAGGCGCCATCTGAATGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgcca