Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgcttgctattcttgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G150251_T02
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G08510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagtaata--------tgtgtcaatgtatctgct-tgctattcttg---tgacttgtaactcatgtga--ccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
||||||| |         | |   | | | |  ||| || | ||| ||     |  | | | |  |||||  |  | || |    |  ||| |  | ||| |||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| | || ||||| ||  | || ||||||||||| || || |||||||
gtaagtagtgatcctgcttatcctattctttgcgctgtgtttttcatggttcaagatatgatttctgtgaatcgtattgttgatatgttgctaacg-attttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTCTTCTTACTCTTCAAGTTTCTATCCAAGGACTTGG

upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgcttgctattcttgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaatt--gtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
|||||  | |   |  |    ||    ||  | |  | ||||        ||      | | || | ||||||||    ||    ||  || ||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| ||  |  | ||||||||||||||||| |||||||
gtaagacaaagacgcaatcagattgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatctaaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgc--ttgctattcttgtgacttgtaactcatg----tgaccaactgatttg--tttctgcaattgtatt-atgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
||||| |  ||  | ||| ||  ||||  ||  ||||  | || | | |   |||||    ||   | |   |  |  |||    |  |  ||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||
gtaagaacaattagccaa-gttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91870069|gb|EB400685.1|EB400685
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGA
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGA
EST: gi|60353103|gb|DN220076.1|DN220076
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|60349110|gb|DN216083.1|DN216083
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|76020573|gb|DT947743.1|DT947743
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211139849|gb|FK978970.1|FK978970
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAAYCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGG-TTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
EST: gi|76282341|gb|DV021909.1|DV021909
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138916|gb|FK978964.1|FK978964
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138918|gb|FK978966.1|FK978966
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138912|gb|FK978960.1|FK978960
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211139847|gb|FK978968.1|FK978968
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|30031840|gb|CB833691.1|CB833691
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138913|gb|FK978961.1|FK978961
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATG
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATG
EST: gi|211138914|gb|FK978962.1|FK978962
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAA-GGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
EST: gi|211138919|gb|FK978967.1|FK978967
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138917|gb|FK978965.1|FK978965
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|93282675|gb|EB674939.1|EB674939
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 87

GCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 36

GCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 68

GCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 134

GCTTGTGGTTAATGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTACTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
                                        aattgtattat  TA-rich tract