Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgcttgctattcttgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G150251_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G08510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaagtaata--------tgtgtcaatgtatctgct-tgctattcttg---tgacttgtaactcatgtga--ccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
||||||| |         | |   | | | |  ||| || | ||| ||     |  | | | |  |||||  |  | || |    |  ||| |  | ||| |||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| | || ||||| ||  | || ||||||||||| || || |||||||
gtaagtagtgatcctgcttatcctattctttgcgctgtgtttttcatggttcaagatatgatttctgtgaatcgtattgttgatatgttgctaacg-attttgcagGAGACAATGTCCAATGAACATGCCATGCGTTTTCCCTTTGTTGGGAGTGCAATGTTATTGTCACTCTTCTTACTCTTCAAGTTTCTATCCAAGGACTTGG

upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G03120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgcttgctattcttgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaatt--gtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
|||||  | |   |  |    ||    ||  | |  | ||||        ||      | | || | ||||||||    ||    ||  || ||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| ||  |  | ||||||||||||||||| |||||||
gtaagacaaagacgcaatcagattgtttttttttattagtgaaacaattttccaaattcgatctaaattgtttctttggtttgaaatggtgtagGAGACGATGTCAAAAGAACATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCACTTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTCTCAAAGGACTTGG

upper sequence: GRMZM2G150251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g03520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagtaatatgtgtcaatgtatctgc--ttgctattcttgtgacttgtaactcatg----tgaccaactgatttg--tttctgcaattgtatt-atgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
||||| |  ||  | ||| ||  ||||  ||  ||||  | || | | |   |||||    ||   | |   |  |  |||    |  |  ||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||
gtaagaacaattagccaa-gttcctgcctttcttatttctatgccatatttttcatgattctggaaagcctgtccgaattttgatatgttcattcatgcagGAGACAATGTCTAATGAACATGCTATGCGCTTTCCTTTTGTTGGGAGTGCAATGCTGTTATCACTATTCCTTCTCTTCAAGTTTCTATCAAAAGACTTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211139847|gb|FK978968.1|FK978968
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138918|gb|FK978966.1|FK978966
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138912|gb|FK978960.1|FK978960
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|78123105|gb|DV541489.1|DV541489
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTAAAACCAACTCCCCCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTATTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211139849|gb|FK978970.1|FK978970
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAAYCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGG-TTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
EST: gi|93282675|gb|EB674939.1|EB674939
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|60353103|gb|DN220076.1|DN220076
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138916|gb|FK978964.1|FK978964
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|76020573|gb|DT947743.1|DT947743
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138913|gb|FK978961.1|FK978961
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATG
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATG
EST: gi|211138914|gb|FK978962.1|FK978962
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAA-GGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGC
EST: gi|91870069|gb|EB400685.1|EB400685
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGA
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGA
EST: gi|30031840|gb|CB833691.1|CB833691
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|60349110|gb|DN216083.1|DN216083
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138919|gb|FK978967.1|FK978967
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|211138917|gb|FK978965.1|FK978965
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
EST: gi|76282341|gb|DV021909.1|DV021909
EST:     TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCT                         GAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT
genomic: TTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGTTCTGTTAAACCAACTCCACCCTCTgtaagtaata ... tattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgacttgtaactcatgtgaccaactgatttgtttctgcaattgtattatgcagGAGACCATGTCCAAGGAGCATGCGATGCGGTTCCCCTTAGTTGGAAGTGCTATGCTTTTATCACTGTTTCTTCTATTCAAGTTTCTCTCAAAAGACTTGG
                                        aattgtattat  TA-rich tract