Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attgaaagtctattcacccccaaattagaaaggctagtaagcatgagttgcccttaaaaatgttacatttactgaattgatgcacgtctttacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G147726_T03
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G147726_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g15040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
attgaaagtctattcacccccaaattagaaaggc----tagtaagcatgagttgcccttaaaaatgttacatttactgaattgatgcacgtctttacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
     || || | |  ||     |||  || |       ||||  ||||| |||   | |   | ||  ||||| || | | | |||  | ||| |  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||
---ataaatccaatatcctaatgattttaaggctatagcagtacacatgaattgatttcatttaggt-gcatttgcttattggctgcttgccttcaactggcagGAGGATGAGCTAAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTATATGCGAATAAACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211217104|gb|FL383487.1|FL383487
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|18181584|gb|BM382794.1|BM382794
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|60396369|gb|DN229238.1|DN229238
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|32945768|gb|CF050587.1|CF050587
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|5456152|gb|AI833842.1|AI833842
EST:     AGATAGGCTTGT-ACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: AGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|211104194|gb|FL471169.1|FL471169
EST:     GCTTGTAACAGCAAAAGAAGATTTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: GCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|31611779|gb|CD568401.1|CD568401
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCTAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|60346093|gb|DN213066.1|DN213066
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|29946538|gb|CB816199.1|CB816199
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|6994080|gb|AW453294.1|AW453294
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|71426509|gb|DR807559.1|DR807559
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAGTAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|14203130|gb|BG836807.1|BG836807
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|211068733|gb|FL060710.1|FL060710
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGGAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|60399097|gb|DN231911.1|DN231911
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|32906937|gb|CF011750.1|CF011750
EST:     GCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTCGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: GCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|211301270|gb|FL181609.1|FL181609
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|71775316|gb|DR973194.1|DR973194
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|29544164|gb|CB604544.1|CB604544
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|78110076|gb|DV528491.1|DV528491
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|18175608|gb|BM350861.1|BM350861
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|21809994|gb|BQ668312.1|BQ668312
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
EST: gi|33092385|gb|CF052379.1|CF052379
EST:     ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAG                         GAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
genomic: ATACAGATAGGCTTGTAACAGCAAAAGAAGAATTCCATGCCATCCTTGAGgtaatggtcc ... tacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttgcccttaaaaatgttacatttactgaattgatgcacgtctttacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG
                             aattgat  putative branch site (score: 4)
                                       cgtcttt  putative PPT
        ttaaaaatgttacatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attgaaagtctattcacccccaaattagaaaggctagtaagcatgagttgcccttaaaaatgttacatttactgaattgatgcacgtctttacatggcagGAGGATGAACTTAAAGGTGCAGTTGTCCTTGTGTATGCAAATAAGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG