1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaaagtgcatgtttaatgtatgtcacctgtttatttattaaacttcgtatcttcaaatcgtccactgaaaacaaactgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACAAGCATGGGCTTACTCCTCCAATGAGGGATGCACGCAGGCGACGTTTCC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G147614_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAAGAGTCGAGTACEST: gi|93013166|gb|EB638686.1|EB638686
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|22543273|gb|BU093711.1|BU093711
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGGAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTACEST: gi|211034641|gb|FL277424.1|FL277424
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGA-GAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|89106294|gb|DY576511.1|DY576511
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|32931457|gb|CF036269.1|CF036269
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTEST: gi|211034640|gb|FL277423.1|FL277423
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCT
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211037077|gb|FL277427.1|FL277427
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|17921703|gb|BM259354.1|BM259354
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|86474214|gb|DY240584.1|DY240584
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: AAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGTTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|32931995|gb|CF036807.1|CF036807
genomic: AAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|74238971|gb|DT646885.1|DT646885
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: TACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|60345606|gb|DN212579.1|DN212579
genomic: TACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|32865677|gb|CF005359.1|CF005359
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|17921875|gb|BM259526.1|BM259526
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211037075|gb|FL277425.1|FL277425
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGA-GAAAATGATCCTGCTCCAGAARGAGTCGAGTACEST: gi|16927590|gb|BM080659.1|BM080659
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ATGACTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|22543221|gb|BU093659.1|BU093659
genomic: ATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTACEST: gi|40334273|gb|CK368343.1|CK368343
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTACEST: gi|9254485|gb|BE344953.1|BE344953
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTACEST: gi|89106285|gb|DY576502.1|DY576502
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: CTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211527102|gb|FL390752.1|FL390752
genomic: CTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|21331342|gb|BQ486723.1|BQ486723
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTACEST: gi|211037076|gb|FL277426.1|FL277426
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|17921548|gb|BM259199.1|BM259199
genomic: ACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211240386|gb|FL373755.1|FL373755
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|71435867|gb|DR816917.1|DR816917
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: CAGAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGACAATGGTCCTGCTCCCGAAGGAGTCGAGTAEST: gi|74235859|gb|DT643773.1|DT643773
genomic: CAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATG-TTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTA
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211183920|gb|FL459369.1|FL459369
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: AATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|74235860|gb|DT643774.1|DT643774
genomic: AATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|211037079|gb|FL277429.1|FL277429
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: CATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACEST: gi|78544005|gb|DV621503.1|DV621503
genomic: CATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
EST: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAG ATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTTGAGTAC
genomic: ACAAAACATATGATGATTCTGTACTAATTAAAACTGCTGATGTTGGTCAGgtaaaagtgc ... actgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTAC
tttatttattaaacttcgtatcttcaaatcgtccactgaaaacaaactgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACAAGCATGGGCTTACTCCTCCAATGAGGGATGCACGCAGGCGACGTTTCC
ttattaaactt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaagtgcatgtttaatgtatgtcacctgtttatttattaaacttcgtatcttcaaatcgtccactgaaaacaaactgaaacagATGATTATGGTAAGAGAAGAAAATGATCCTGCTCCAGAAGGAGTCGAGTACAAGCATGGGCTTACTCCTCCAATGAGGGATGCACGCAGGCGACGTTTCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC