1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtgataagtgataacttgttcactttgtttgttggttcataattatttaatttcatgtgctgaataatggttactaaaccctcatgttctatgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G140150_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTEST: gi|50330691|gb|CO525817.1|CO525817
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|149090058|gb|EE179352.2|EE179352
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACCAGG-ACCATGGCCACTCTATEST: gi|87298771|gb|DY470774.1|DY470774
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTAC-AGGTACCATGGCCACTCTAT
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|16746039|gb|BM032469.1|BM032469
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCA-TT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCC-CTCTATGEST: gi|13558390|gb|BG549746.1|BG549746
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATG
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACTCATTGCCACTCTATGTCAGATCCEST: gi|20300013|gb|BQ162956.1|BQ162956
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTAC-CATGGCCACTCTATGTCAGATCC
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|91054211|gb|EB164629.1|EB164629
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|18384628|gb|BM417827.1|BM417827
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTEST: gi|8401229|gb|BE056863.1|BE056863
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
EST: GCAAGCGTGCAATATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|32847853|gb|CD987534.1|CD987534
genomic: GCAAGCGTGCAA-ATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTEST: gi|18384591|gb|BM417790.1|BM417790
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGT
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGT-CCATGEST: gi|21330275|gb|BQ485656.1|BQ485656
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATG
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|18384480|gb|BM417679.1|BM417679
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCATATGTEST: gi|74244031|gb|DT651945.1|DT651945
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTC-TATGT
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|67041913|gb|CO468168.1|CO468168
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCA-GCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACATACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCCEST: gi|149008497|gb|EE040667.2|EE040667
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCC-
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|18384592|gb|BM417791.1|BM417791
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTNCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCEST: gi|149008496|gb|EE040666.2|EE040666
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGT-CCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCC
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|91054212|gb|EB164630.1|EB164630
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|22489517|gb|BU049440.1|BU049440
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|211429931|gb|FL330539.1|FL330539
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|13382041|gb|BG458716.1|BG458716
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AAAAGA-CATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|94478082|gb|EB707040.1|EB707040
genomic: AAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAEST: gi|148955646|gb|EC901318.2|EC901318
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTTTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
tttaatttcatgtgctgaataatggttactaaaccctcatgttctatgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
tactaaa putative branch site (score: 438)
tgaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgataagtgataacttgttcactttgtttgttggttcataattatttaatttcatgtgctgaataatggttactaaaccctcatgttctatgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG
- - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgaa