Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcatatggaatagtttggtgttgttctcttaaatagtgatgcgctaccattgttgtgttgctgataacttgatttttgaaatgtcctgcattgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G137707_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G137707_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g46640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
tgcatatggaatagtttggtgttgttctcttaaat--agtgatgcgctaccattgttgtgttgctgataacttgatt--tttgaaatgtcctgcattgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA
 | || | |  |    |  ||   | |  || | |    |||||  |||  ||  |    ||  ||||||    |||  |||| ||||  |||  || || |||||||||   | | || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  ||||  |||||||||||
-gtatgttgtttttcataatgccttccagtttactccgatgatgtactattatcttcccttttatgataataacattattttggaatggtctgtgttcaa-cagGAAACTTCTACTACCCACAATTGCAGCACTTCCTTTGCTGATGGCATATGCTGGTGGTACTTCCGTCAGCATTCCAAAGCCTCTAACATCTTATGTTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67012698|gb|CO441447.1|CO441447
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|71438733|gb|DR819783.1|DR819783
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|74232443|gb|DT640357.1|DT640357
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|50331152|gb|CO526278.1|CO526278
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|91874805|gb|EB404762.1|EB404762
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCCATGATGTTCTTGATGTTCCCTGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCCACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGG
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATG-
EST: gi|101388899|gb|EB816431.1|EB816431
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|149041344|gb|EE046982.2|EE046982
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTG
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTG
EST: gi|149107025|gb|EE188920.2|EE188920
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|78122710|gb|DV541094.1|DV541094
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAAGTGGTATTGCCAACGT
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGT
EST: gi|78108109|gb|DV526527.1|DV526527
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
EST: gi|71442204|gb|DR823254.1|DR823254
EST:     ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGT                         GAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC
genomic: ATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 41 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 98

TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA


Block sizes: 41 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 114

TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 126

TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA


Block sizes: 41 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 49

TGGCTTGTTGAATATAATGCAGCGTTGGCATCAGTCTGTTTTATGATTCTTCTTGGATTTGTCGATGATGTTCTTGATGTTCCATGGAGAGTgtatgttgct ... attgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taccattgttgtgttgctgataacttgatttttgaaatgtcctgcattgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA
                   ataacttgattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcatatggaatagtttggtgttgttctcttaaatagtgatgcgctaccattgttgtgttgctgataacttgatttttgaaatgtcctgcattgaaacagGAAACTGGCATTGCCAACGTTTGCAGCACTCCCATTGCTAATGGCATATGCTGGTGGCACTTCCATCATCATTCCAAAGCCCTTAACTCCTTATGTTGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG