Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcaaggctctgtccattgttacagtagttgcattgtggtaattggtaatttagtatagcttgtcatggcatataagtttttctttttatcctggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G134862_T01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88748677|gb|DY532818.1|DY532818
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|211145650|gb|FL480705.1|FL480705
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|78109960|gb|DV528375.1|DV528375
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|88747276|gb|DY531417.1|DY531417
EST:     GCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|6994090|gb|AW453304.1|AW453304
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTATGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|76285577|gb|DV025145.1|DV025145
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|71448432|gb|DR829482.1|DR829482
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|86470223|gb|DY236593.1|DY236593
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|60340983|gb|DN207956.1|DN207956
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|194717187|gb|FK934340.1|FK934340
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|93016579|gb|EB642099.1|EB642099
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
EST: gi|211468306|gb|FL243202.1|FL243202
EST:     GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGT                         TGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
genomic: GGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 29 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 196

AGGACTGAGACACATATGGTAGTGTCGATGCTTGCATTCATGCACTGGCTGGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 58

AGGACTGAGACACATATGGTAGTGTCGATGCTTGCATTCATGCACTGGCTGGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG


Block sizes: 26 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 70

AGGACTGAGACACATATGGTAGTGTCGATGCTTGCATTCATGCACTGGCTGGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG


Block sizes: 26 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 78

AGGACTGAGACACATATGGTAGTGTCGATGCTTGCATTCATGCACTGGCTGGAGACAGGTGGCCTACTCATGCATGCTGAAGCCCAGGAGAAGCTAGGGTgtatgtcaag ... ggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttagtatagcttgtcatggcatataagtttttctttttatcctggtttttcagTGTGCTCTGGGGAGTTTGGCCTTGATGTTGAGGACTACCTGACAG
                             tttttctttttatcct  CT-rich tract
                      atataagtttttcttt  TA-rich tract